一、河南及上海患者的HIV-1 gag基因p24蛋白编码序列及亚型初步分析（论文文献综述）
杨静[1]（2020）在《LncRNA NKILA通过抑制NF-κB信号传导调节HIV-1复制及潜伏》文中研究表明人类免疫缺陷病毒（Human Immunodeficiency Virus,HIV）是获得性免疫缺陷综合症——艾滋病（AIDS）的主要病原体。目前,全球约有3790万人感染艾滋病病毒,仍然是严重威胁人类健康的重大传染病,经过科学家的不断努力,通过抗病毒疗法,已经能够控制病情,使之成为慢性病,但是仍未开发出能完全治愈艾滋病的方法。近年来,科学家们发现部分在人体中存在的长链非编码RNA（LncRNA）具有广泛的生物学作用,包括对癌症、病毒感染等疾病的重要调控作用,尽管一些长链非编码RNA被报道在HIV-1感染复制过程中发挥重要的作用,但关于长链非编码RNA对HIV调控作用的研究仍然很少。随着研究的深入,LncRNA NKILA最近被确定为NF-κB信号的负调节剂,并且在多种癌症的发展过程中起着重要作用;众所周知,在HIV-1的生命周期中,其转录和潜伏期重新激活均需要NF-κB介导的HIV-1 LTR驱动基因表达的激活。但是,LncRNA NKILA是否在HIV-1复制和潜伏中起重要作用,它的作用是否通过对NF-κB信号通路的调控实现的?目前尚未见报道。因此,我们针对这一重要科学问题,开展了NKILA对HIV-1复制的影响及其作用机制的研究。本研究中,我们首先证明lncRNA NKILA在调节HIV-1转录和复制中起关键作用。我们发现NKILA以剂量依赖的方式强烈抑制了HIV-1的复制及其感染性;进一步研究发现NKILA以梯度依赖的方式抑制HIV-1 LTR活性;我们知道HIV-1 LTR上含有NF-κB的结合位点,本研究证实NKILA通过自身的发夹结构与NF-κB的亚基P65结合,从而结合到P65:P50:l?Bα复合物上并进一步掩盖l?Bα的磷酸化位点,进而抑制NF-κB信号,最终抑制LTR活性。并且在这一过程中,NKILA不仅抑制LTR活性,而且抑制Tat单独诱导的LTR活性以及P65和Tat共同诱导的LTR活性。另外,为证明NKILA是否可以作为一种针对HIV复制的新型广谱抗病毒分子,我们对其进行了更加深入的研究。研究发现,NKILA可以抑制不同细胞嗜性的HIV-1亚型的复制,例如巨噬细胞嗜性AD8株,来自大脑的YU2株以及R5X4-tropic 89.6株。因此我们认为LncRNA NKILA是一种具有广谱抗病毒作用的HIV抑制剂。此外,本研究还发现HIV-1复制或重新激活显着下调了包括Jurkat,H9,分离的原代CD4+T细胞和HIV-1潜伏细胞在内的T细胞以及感染HIV-1的患者的PBMC中NKILA的表达,这些结果表明HIV-1为了克服NIKLA的抑制作用,下调了NKILA的表达,从而实现HIV-1复制。这些发现加强了我们对lncRNA NKILA通过NF-κB信号传导对HIV-1复制和潜伏期的功能抑制的理解,为HIV-1提供了有希望的治疗策略。
潘小满[2]（2020）在《昆明地区HIV抗病毒治疗失败毒株基因变异及耐药现况研究》文中研究指明[目 的]本研究旨在对昆明市2015-2019年HIV/AIDS治疗失败患者进行耐药流行病学调查,探讨耐药扩增阳性率及耐药发生的影响因素;另一方面对该部分患者HIV-1毒株基因亚型分布及耐药株与敏感株间基因的变异情况进行描述,探究和溯源毒株流行地域和时间。[方 法]收集昆明市2015年-2019年抗病毒治疗失败（ART）患者流行病学信息,并采用In-house耐药检测方法进行基因型耐药检测。通过RT-PCR方法扩增HIV-1病毒pol基因区长度约为1200bp的片段,测序后运用Bio edit和MEGA 6.06软件进行编辑校对,通过艾滋病耐药数据库（hivdb.stanford.edu）得到序列的基因亚型、耐药突变位点等基因型耐药信息;通过MEGA、Beast等软件进一步进行基因变异分析。[结 果]1.2015-2019年昆明地区HIV/AIDS ART失败患者共收集到1434例,中位数年龄为40（33,48）岁,男性占比66.46%（953/1434）,异性性接触占63.39%（909/1434）,抗病毒治疗方案以 EFV+TDF+3TC 为主（33.47%,476/1434）。以2019年12月31日累计治疗人数22640为基数,5年累计治疗失败率为6.33%;扩增阳性率为83.82%（1202/1434）,其中东川区扩增阳性率高于昆明市区（OR=2.186,95%CI:1.149-4.160）,富民县扩增阳性率低于昆明市区（OR=0.467,95%CI:0.222-0.982）,女性检测阳性率高于男性（OR=1.581,95%CI:1.141-2.192）。2.2015-2019年间昆明市HIV/AIDS抗病毒治疗失败患者总体耐药率为57.74%（694/1202）,5 年累计耐药率为 3.06%（694/22640）,NRTIs、NNRTIs和 PIs 的总体耐药率分别为 35.27%（424/1202）、53.41%（642/1202）和 4.99%（60/1202）;组合耐药以 NRTIs+NNRTIs 的发生率最高（30.20%,363/1202）（χ2=588.067,P=0.000）;昆明市总耐药发生率及各类药物的耐药发生率5年里无变化趋势（P>0.05）。耐药影响因素结果显示,女性为保护性因素（OR=0.736,95%CI:0.558-0.971）;以母婴传播为比较基准,静脉药瘾以及其他传播途径为保护性因素（OP<1,P<0.05）;NVP+AZT+3TC治疗方案的耐药发生率是EFV+AZT+3TC治疗方案的 2.093 倍（OR=2.093,95%CI:1.395-3.141）,而克力芝+AZT+3TC治疗方案的耐药发生率是EFV+AZT+3TC治疗方案的0.526倍（OR=0.526,95%CI:0.319-0.868）;把昆明市区作为比较地区,安宁市、关爱中心、东川区、嵩明县均为保护性因素（OR<1,P<0.05）;以CRF01AE亚型为基准,CRF07BC和CRF08BC是耐药发生的保护性因素（OR<1,P<0.05）。以上耐药率差异主要是对NRTIs的耐药率差异引起（P<0.05）。突变位点及类型中,NRTIs突变以M184I/V 突变率为最高（29.78%,358/1202）,其次为 K65R（9.40%,113/1202）。NNRTIs突变以K103N/S/R/E突变率最高,占20.80%（250/1202）,其次为V179D/E/T,占13.06%（157/1202）。PIs突变率排前三的依次为M46E/K/V/I/L（1.41%,17/1202）、L33F（1.25%,15/1202）以及 Q58E（1.25%,15/1202）。3.昆明地区ART失败患者中,CRF08BC占比最多（45.50%,547/1202）,CRF01AE、B亚型和其他亚型与同性性接触及关爱中心相聚集;CRF07BC与安宁市、东川区、静脉药瘾相聚集;CRF08BC与晋宁县、石林县以及女性相聚集。基因距离比较方面,CRF01AE的耐药株大于敏感株（P<0.05）,CRF07BC和CRF08BC 与 CRF01AE 相反（P<0.05）;Ka/Ks 比较方面,CRF01AE 的耐药株小于敏感株（P<0.05）,而CRF07BC却是耐药株低于敏感株（P<0.05）。4.CRF01AE的系统进化树显示,耐药株与敏感株大部分的序列与山东省2013年的序列和天津市2007年的序列靠近,剩余的少部分序列则与云南省早年（2007年）及越南、泰国等周边国家早年（2000年前）的序列靠近。在耐药株流行簇中,最早的tMRCA在2001.08（1986.10-2012.09）,而最近的流行簇tMRCA在2017.08（2015.10-2018.12）,敏感株流行簇中最早的流行簇tMRCA是2002.08（1996.11-2007.01）,最近的流行簇 tMRCA 是 2016.10（2014.09-2017.11）。[结 论]1.2015-2019年昆明市5年累计治疗失败率为6.33%,且在云南省内为中度流行;进一步完善个别地区的管理可增加检测阳性率。2.2015-2019年昆明市HIV耐药率处于稳定趋势,且在全国处于低水平流行;对NRTIs耐药率的差异是导致整体耐药率有差异的主要原因,对NRTIs药物的使用和管理需更加谨慎;与云南省总体耐药位点突变率不同,M46在PIs中的突变比例高于云南省。3.昆明市ART失败人群HIV-1毒株以CRF08BC为主;CRF01AE的耐药率高,其耐药株与敏感株在疾病进展速度上均高于其他亚型。4.近年昆明CRF01AE ART失败患者毒株来源于北方省份;昆明市最早的CRF01AE耐药患者毒株可能为传播性耐药传入,对传播耐药的防控需要及时加大力度。
程泽韬[3]（2019）在《HIV-1 CRF07BC P6Gag蛋白突变对病毒释放、成熟、感染和复制的影响及其机制研究》文中研究指明研究背景和意义CRF07BC是我国HIV-1主要的流行基因型之一。前期研究发现,HIV-1 CRF07BC感染者的病毒载量明显低于B亚型感染者,且患者疾病进展较CRF01AE和B亚型感染者缓慢。序列分析发现90%以上的病毒p6蛋白存在连续7个氨基酸（PIDKELY）缺失,约30%的病毒同时携带PTAPPE插入,但这些突变对病毒学特征影响及其分子机制尚不清楚。研究方法我们采用反向遗传学方法,构建了7个氨基酸缺失（△7）、PTAPPE插入以及7个氨基酸缺失合并PTAPPE插入（P△7）的HIV-1 p6突变质粒,探讨病毒的释放、成熟、感染力和复制能力等病毒学特征。进一步研究p6蛋白7个氨基酸缺失突变（p6△7）影响病毒表型的分子机制。首先,HIV-1 p6蛋白位于Gag和Pol蛋白重叠区域,通过构建Gag△7和GagPol△7表达质粒,确定Gag蛋白缺失还是Pol蛋白缺失对于病毒表型影响较大。然后,探究p6蛋白Y36缺失对病毒释放和成熟的影响。我们分别构建p6蛋白第36位Y缺失突变（K-△Y36）、第30-35位（PIDKEL）缺失突变（K-△630-35）和第30-36位（PIDKELY）缺失突变质粒（K-△730-36）,评价突变病毒释放效率和Gag蛋白加工效率。由于HIV-1 p6 YPXnL序列与宿主蛋白Alix相互作用促进病毒释放,7个氨基酸（PIDKELY）序列与YPXnL有1个氨基酸（Y）重叠。因此,进一步确定p6突变病毒与Alix V（364-716）蛋白是否具有相互作用。最后,研究p6△7对病毒逆转录进程的影响,通过qPCR分析病毒4种逆转录产物含量:R-U5（初始产物）、U3-U5（负链合成产物）、R-5’UTR和Gag（正链合成产物）。结果病毒表型研究结果发现:（1）PTAPPE插入突变不明显影响病毒释放,感染力和复制能力,但轻度抑制病毒成熟。（2）P△7和△7病毒释放效率为野生型病毒（WT）的62%和76%,Gag蛋白加工效率为36%和52%,病毒感染力为69%和56%;病毒在MT-4、Jurkat T细胞和PBMCs的复制力下降2-7倍。表明HIV-11p6△7突变是导致病毒在释放、成熟、感染和复制缺陷的主要因素。Gag△7和GagPol△7的研究发现,Pol△7突变仅轻度降低病毒释放和Gag蛋白加工效率,分别为88%和69%;Gag△7突变使病毒释放和Gag蛋白加工效率下降～2-3倍,表明p6Gag蛋白缺失7个氨基酸是导致病毒释放和成熟缺陷主要原因。单氨基酸（Y）研究结果表明,K-△630-35仅轻度降低病毒释放效率,不影响病毒蛋白加工。K-△Y36和K-△730-36突变病毒释放效率分别为28%和57%,Gag蛋白加工效率为46%和53%,提示酪氨酸（Y36）缺失是导致K-△730-36突变病毒表型缺陷的主要原因。HIV-I与Alix V蛋白的相互作用结果显示,过表达Alix V蛋白使WT病毒的释放减少～5倍,但Alix V/F676D蛋白表达不影响病毒释放。K-△Y36、K-△630-35和K-△730-36病毒释放均不受过表达Alix V或Alix V/F676D蛋白的影响,说明第36位酪氨酸可能通过阻止p6Gag蛋白结合Alix蛋白,导致突变病毒释放缺陷。逆转录产物分析结果显示,Gag△7轻度降低逆转录初始产物R-U5合成,在负链和正链的合成均表现出较低的效率,合成U3-U5比R-U5降低了30～40%。GagPolA7突变轻度降低负链或正链产物的合成效率,表明p6蛋白7个氨基酸缺失突变减少病毒逆转录过程的DNA合成。结论HIV-1p6蛋白7个氨基酸缺失（p6△7）导致病毒释放、成熟缺陷、感染力降低,在T细胞内不能有效复制。P6△7主要通过影响p6Gag蛋白抑制病毒释放和成熟,其中第36位酪氨酸（Y）是导致病毒表型缺陷的主要氨基酸,它的缺失阻止YPXnL与Alix蛋白结合,抑制病毒释放。HIV-1 p6△7突变使病毒释放减少、病毒感染力降低、逆转录过程的DNA合成减少,导致病毒复制周期延长,可能是造成CRF07 BC感染后疾病进程缓慢的原因。
赵俊鹏[4]（2019）在《中国无偿献血人群HIV-1分子流行病学及耐药基因突变研究》文中进行了进一步梳理在未经抗病毒药物治疗的无偿献血人群中进行人类免疫缺陷病毒（human immunodeficiency virus,HIV）分子流行病学和耐药相关突变（Drug resistance-associated mutations,DRMS）的监测对于病毒进化研究和血液安全至关重要。本课题是国内首次针对多地区大规模的无偿献血人群进行HIV分子流行病学和DRMs研究。2016-2018年,从17个省份26家血站收集HIV初筛反应性的献血者血浆,送至国家卫生健康委临床检验中心进行复检,199份核酸检测反应性的样本进行 HIV-1gag、蛋白酶（Protease,PR）-逆转录酶（Reverse transcriptase,RT）、整合酶（Integrase,IN）和包膜蛋白（envelope,env）基因测序。179人（份）血浆测序成功（≥2个区域）,并进行基因分型。CRF07BC（62/179,34.6%）和CRF01AE（58/179,32.4%）是主要的基因型,其他如:CRF02AG、CRF5501B、CRF5901B、CRF65cpx、CRF6701B、CRF790107、CRF85BC等少见的流行重组型（Circulating recombinant form,CRF）和许多独特重组型（Unique recombinant form,URF）在该研究也有发现。值得注意的是,非洲来源的病毒株CRF02AG和CRF06cpx在中国献血者人群首次发现,说明随着时间推移和人口迁徙,中国HIV流行状况日益复杂。此外,发现29例HIV-1病毒株（29/179,16.2%）含有DRMs,包括PRN88S和RTK103N突变,可显着增加对抗逆转录病毒药物的耐药性。此外,研究中IN E157Q突变首次在献血者人群中报道,可能降低HIV对整合酶抑制剂的敏感性。HIV-1多种基因型和DRMs的发现,提醒我们实时监测献血者中HIV-1分子流行病学和DRMs的必要性。
梁冰玉[5]（2018）在《广西和越南北部HIV-1分子流行病学及耐药研究》文中认为第一部分广西和越南北部HIV-1分子流行病学研究背景和目的广西是我国艾滋病疫情较为严重的地区,而与广西接壤的越南北部地区也是该国艾滋病疫情相对严重的区域。既往研究表明广西-越南北部之间存在HIV-1毒株相互传播的可能,但多数研究是利用当地采集的HIV流行毒株与国际上公开的中国或者越南的HIV毒株序列进行进化分析得出的结果。近年来广西和越南北部HIV-1的传播途径和主要亚型已发生了一定的变化。到目前为止,尚未有同一时期在两地开展的较大规模的流行病学研究去明确两地的HIV-1毒株之间是否存在传播关系。当前,广西和越南的政治、经济、文化交流随着“一带一路”倡议的带动和日益密切的中国-东盟合作而日趋活跃,艾滋病相互传播的风险也加大。在此背景下,本研究的主要目的是通过同时收集两地艾滋病感染样本,分析当前两地HIV-1亚型的分布、基因变异和系统进化特征,以期了解广西和越南北部地区HIV-1的流行特征、基因变异和相互的传播关系。方法2016年-2017年,通过方便抽样,在广西（崇左市、防城港市、百色市、南宁市和柳州市）和越南北部（广宁省、凉山省、高平省和河江省）收集进行抗病毒治疗的艾滋病感染者作为研究对象。通过调查问卷对研究对象进行流行病学调查,获得基本人口学资料和艾滋病感染相关行为、感染途径、感染时间、治疗情况和跨境行为等资料,并采集外周静脉血液10ml,分离外周血单核细胞（PBMCs）,提取前病毒DNA,对HIV-1 gag、pol和envC2V3基因片段进行Nest-PCR扩增,将阳性扩增产物测序,然后用Bioedit和MEGA软件对基因序列进行序列的比对和校正,将编辑好的HIV序列提交HIV database数据库进行亚型分析和重组分析,同时采用MEGA和Simplot等生物信息学软件进步一确定亚型、重组断点分析、基因变异特和系统进化分析。将序列提交到http://www.atgc-montpellier.fr/网站构建ML树。所得数据最后采用SPSS 23.0软件对所得数据进行统计分析。结果1.样本收集和HIV-1基因扩增:共收集研究对象1000例,其中广西567例,越南北部433例。共获得613例研究对象的流行病学数据和基因序列,其中广西399例,越南北部214例。成功扩增的广西样本中,包括gag区序列200条、pol区序列399条、env区序列178条;成功扩增的越南北部样本中,包括gag区序列112条,pol区序列214条和env区序列140条。2.亚型判定与分布:共判定亚型613例。广西样本中,CRF01AE亚型234例,CRF08BC亚型106例,CRF07BC亚型54例,B（B’）亚型1例,C亚型1例,未知重组型3例;越南北部获得CRF01AE亚型214例;3.亚型在传播途径中的分布:广西CRF01AE、CRF08BC和CRF07BC在异性传播途径中所占比例分别为34.09%（136/399）,4.51%（18/399）和1%（4/399）;在静脉注射毒品途径中所占的比例分别为21.8%（87/399）,19.8%（79/399）和11.3%（45/399）;越南北部CRF01AE亚型在异性传播和静脉吸毒传播途径中分别占比39.9%和47.7%。4.广西和越南北部CRF01AE的ML系统进化树分析:广西和越南北部的CRF01AE毒株可分成5个进化簇,其中广西柳州的注射吸毒人群（injection drug users,IDUs）和少量异性性传播人群（heterogeneous sexual transmissions,HETs）聚集成簇1;广西崇左市和防城港市的HETs和少量的IDUs与越南北部的IDUs和HETs聚集成簇2;南宁的4条IDUs序列和防城港的1条HET聚集成簇3;广西少量的IDUs和HETs与越南的少量IDUs和HETs独立聚集成2个独立簇（VC1和VC2）;越南北部的IDUs可能传播给广西崇左市和防城港市的部分HETs人群。5.未知重组型分析结果:获得三株HIV-1未知重组型,重组模式为CRF01AE/B（B’）和CRF01AE/B（B’）/C。6.基因离散率结果分析:广西CRF01AE亚型的gag、pol和env区及其编码片段p24、p17、p51、p15和p31的基因离散率均大于越南北部同一片段序列的基因离散率（P<0.01）;广西和越南北部CRF01AE亚型的env区离散率大于pol区,gag区的基因离散率小于pol区,差异统计学意义（P<0.05）;gag区的p17区段基因离散率高于p24;pol区各个片段的基因离散率由高到低依次是p51、p15和p31;根据env区的基因离散率来估计CRF01AE亚型在广西大规模的流行时间大约为1517年,在越南北部的大规模流行时间大约为9-11年。7.广西CRF07BC重组毒株Gag p6蛋白缺失分析结果显示,广西3例CRF07BC重组毒株出现PIDKELY 7个氨基酸缺失,即P6△7缺失。结论1.广西和越南北部的HIV-1感染者以异性性接触和注射吸毒为主要传播途径。广西主要流行亚型为CRF01AE、CRF08BC和CRF07BC亚型;越南北部主要流行CRF01AE亚型;2.越南北部IDUs的HIV-1可能传播给广西边境市的HETs人群,广西HETs与越南IDUs和HETs存在HIV-1的传播关系;3.广西存在HIV-1 CRF01AE和CRF07/08BC亚型重组的未知重组亚型。第二部分广西和越南北部HIV-1耐药及其影响因素研究背景和目的随着全球抗病毒治疗的普及,HIV-1耐药的问题日益凸显。广西主要流行CRF01AE和CRF07/08BC亚型,越南主要流行CRF01AE亚型。由于不同亚型的毒株耐药变异的特点不同,且不同国家的ART方案的不同。广西和越南北部的HIV耐药株的发生、发展应具有自身的特征和规律。虽然中国和越南已有不少的研究报道各自国家的HIV-1耐药状况和影响因素。然而,目前尚未有研究揭示越南与中国边境的HIV的耐药差异,以及中越边境的耐药影响因素。在此背景下,本研究的主要目的是通过同时收集两地艾滋病抗病毒治疗样本,研究广西和越南北部HIV/AIDS患者的耐药发生率、耐药突变类型、耐药药物种类、耐药人群分布等耐药差异特点,同时,分析广西和越南边境HIV-1耐药性发生的影响因素,为广西和越南边境监测HIV-1耐药株的流行及制定合理的抗病毒治疗方案提供科学依据。方法将本研究第一部分获得的613份pol区DNA序列提交至斯坦福大学的HIV Drug Resistance Database数据库,获得各条序列耐药突变位点,耐药突变类型、耐药药物种类、及其耐药性分值。用Spss23.0统计软件进行描述性统计分析,均数比较用t检验和方差分析;耐药率的比较用卡方检验或Fisher确切概率法,影响因素分析用Logistic回归分析。结果1.有效扩增并成功测序了613条pol区序列,包括广西399条,其中耐药率为11.53%（46/399）;越南214条,耐药率为9.81%（21/214）。广西与越南北部耐药率差异不具有统计学意义（χ2=0.421,p=0.516）。2.广西不同城市之间的耐药率没有显着性差异（χ2=1.48,p=0.0.915）;越南北部不同省份之间的耐药率没有显着性差异（χ2=6.4,p=0.0.94）。3.广西和越南北部在低、中、高度耐药之间没有统计学差异。中国和越南均发生了高度耐药,分别占7.5%（30/399）和7.9%（21/214）。4.广西CRF01AE亚型耐药率为11.4%,CRF07BC亚型耐药率为12.96%,CRF08BC亚型耐药率为11.32%。越南北部所有样本均为CRF01AE亚型,耐药率是9.81%;广西与越南北部的CRF01AE亚型耐药率不具有统计学差异（χ2=0.201,p=0.654）。5.广西HIV-1毒株对NNRTIs的耐药率为5.76%,高于越南北部对NNRTIs的耐药率1.87%,差异有统计学意义（χ2=5.019,p=0.025）。在所有耐药病例中,广西对NNRTIs类药物耐药构成比（50%）高于越南北部对NNRTIs类药物耐药构成比（19.05%）,差异有统计学意义（χ2=6.09,p=0.014）;广西双重耐药（NRTIs+NNRTIs）的构成比（32.61%）低于越南双重耐药构成比（66.6%）,差异具有统计学意义（χ2=6.459,p=0.011）。6.广西HIV-1/AIDS患者中对NRTIs,NNRTIs和PIs类药物耐药率分别为1%,5.76%和1%,对NRTIs+NNRTIs双重耐药率为3.76%（15/399）。7.越南HIV-1/AIDS患者中对NRTIs,NNRTIs和PIs类药物耐药率分别为0.93%,1.87%和0.47%,对NRTIs+NNRTIs双重耐药率为6.54%（14/214）。8.广西HIV-1/AIDS患者NRTIs耐药突变主要是M184V突变;NNRTIs耐药突变包括K103N,M230I/L,G190A/E,E138A/K突变;PIs耐药突变主要是I54L和V82V/F突变。9.越南HIV-1/AIDS患者NRTIs耐药突变主要是M184V/I,V75M和K65R突变位点;NNRTIs耐药突变包括Y181C,G190A/R/S和K103N突变;PIs耐药突变包括N88S,L89V,L90M和L10F/I突变。10.广西和越南北部发生在181位点和65位点的突变具有显着性差异（χ2=8.514,p=0.004和χ2=5.940,p=0.015）。11.广西HIV-1毒株中NNRTIs类药物依曲韦林（ETR）的中度耐药率为1.75%,低于越南北部HIV-1毒株中对该药的耐药率4.467%,差异有统计学意义（χ2=4.4,p=0.036）;广西HIV-1毒株中NRTIs类药物ABC、D4T和DDI三种药物的耐药率分别为0.5%,0.25%和0.25%,低于越南北部HIV-1毒株中对该药的耐药率（3.27%,3.74%和4.67%）,差异有统计学意义（p<0.05）。12.多因素分析发现,年龄为15-24岁（OR=36.52;95%CI 3.96-336.42）和服用含有EFV（OR=6.96;95%CI 1.81-26.73）或LPVr（OR=11.09;95%CI2.43-50.54）的治疗方案与耐药发生具有相关性。结论1.广西和越南北部的总体耐药率较低。广西主要对NRTIs类药物耐药,而越南主要发生NRTIs+NNRTIs双重耐药。两地区对PIs类药物耐药很少。2.广西和越南北部对NRTIs主要产生M184V/I突变,对NNRTIs主要发生K103N和G190A/E突变,对PIs产生的耐药突变位点不同。3.广西的耐药患者主要对3TC、ABC、FTC、EFV和NVP产生耐药,而越南的耐药患者主要对3TC、ABC、D4T、FTC、TDF、EFV和NVP产生耐药。4.年龄和服药方案含有EFV和LPVr的治疗方案是中越边境耐药发生的影响因素。
刘哲鹏[6]（2018）在《基于CRISPR/Cas9技术同时靶向辅助受体CXCR4和CCR5的HIV-1基因治疗初步探究》文中提出CRISPR/Cas9包括规律成簇间隔短回文重复序列（CRISPR,clustered regularly interspaced short palindromic repeats）和其相关蛋白核酸内切酶 Cas9。CRISPR/Cas9 技术是一项 2013 年被发明、在向导 RNA（single guide RNA,sgRNA）引导下可以在基因组水平特异性的靶向敲除几乎任何基因的新基因编辑技术。CRISPR/Cas9系统起初被认为是细菌和古生菌等微生物的一种适应性免疫,可以有效降解外源入侵的核酸。该系统主要通过特异性的sgRNA来识别目的基因片段,再通过非特异性的核酸内切酶Cas9蛋白切割目的片段后,目的片段会因为自身修复时很大概率上利用非同源末端结合修复（Non-homologous End Joining,NHEJ）,则会导致目的片段的基因插入缺失或突变,而不能转录、翻译成为正常的原有蛋白。CRISPR/Cas9技术因为其操作简单、价格低廉以及有效性等原因,现已被广泛应用于医学科学研究的各个方面,而在病毒学研究领域自然也不例外。获得性免疫缺陷综合征（Acquired immune deficiency syndrome,AIDS）是一种全球分布的免疫系统疾病,其致病源是因为人类免疫缺陷病毒（HIV）,且主要是HIV-1的感染。现临床上对HIV-1感染患者使用的主要治疗方法是高效抗逆转录病毒疗法（Highly active anti-retroviral therapy,HAART）,但该治疗方法带来的高额费用、长期疗程以及副作用使得部分病人无法接受。所以新的针对HIV-1感染的治疗方法急需被探索、研究,而HIV-1的基因治疗也正是其中一种。在HIV-1感染的整个过程中,HIV-1进入细胞必须先和宿主细胞表面蛋白CD4发生结合后,再和共受体CXCR4或CCR5中的一个发生结合,才能融合进入细胞。所以如果能够对HIV-1的共受体进行编辑,那么在某种程度上HIV-1将不能感染宿主细胞。由于前期关于利用CRISPR/Cas9技术敲除CXCR4或CCR5单个的研究已有报道,且对特异的HIV-1亚型确实有一定的抑制效果。同时,虽然HIV-1进入细胞内部需结合的共受体早期一般为CCR5,但在感染的晚期可能也会利用CXCR4进入细胞,甚至有些艾滋病患者中HIV-1病毒可以同时利用CXCR4和CCR5作为共受体进入细胞,所以在某种程度上,对CXCR4或CCR5的单个处理不能完全有效阻止病毒入侵。本论文的主要研究内容就是利用CRISPR/Cas9技术同时敲除HIV-1宿主细胞表面共受体CXCR4和CCR5,再通过病毒感染实验,观察不同处理细胞亚型（Tzm.bl,JurkatT,人原代CD4+T细胞）是否可以同时抑制X4-嗜型（HIV-1NL4-3）和/或R5-嗜型（HIV-1YU-2）病毒的感染。结果证明,本研究设计的2对1enti-X4R5-Cas9质粒（#1,#2）在不同细胞亚型中,且不论是在基因组水平还是蛋白水平,都显示CXCR4和CCR5被同时敲除;根据HIV-1病毒感染实验的结果提示,在不同细胞亚型中,CXCR4和CCR5同时被编辑的细胞可以同时抑制X4-嗜型和/或R5-嗜型的感染;通过脱靶分析以及细胞凋亡实验结果表明,CRISPR/Cas9同时敲除CXCR4和CCR5后对细胞没有明显的毒性。同时细胞富集实验研究也证明,CXCR4和CCR5被同时编辑的CD4+T细胞,在混合HIV-1毒株的压力下,相比较未被编辑的细胞,随着时间的推移,表现为不断富集的状态。综上所述,本研究利用CRISPR/Cas9技术对HIV-1共受体同时编辑的研究,证明该技术可以同时靶向不同HIV-1亚型,为HIV-1有效治疗提供了新的可能。
陈刘俊[7]（2017）在《长链非编码RNA GAS5抑制HIV-1复制的初步研究》文中研究说明背景:人类免疫缺陷病毒（human immunodeficiency virus,HIV）,是一种可以使人体免疫功能逐渐下降,导致获得性免疫缺陷综合症的主要病原体,由于缺少有效的疫苗或彻底治疗的药物,目前已成为全球关注的焦点。长链非编码RNA（long noncoding RNA,lncRNA）是一类不编码蛋白质的RNA,其转录本长度大于200个核苷酸,广泛参与多种生物学进程,发挥着重要的调控作用,如物种进化、个体发育、癌症、免疫应答等。值得注意的是,其异常表达还与多种人类重大疾病密切相关。已有研究表明,宿主中多种lncRNAs在不同病毒感染过程中存在差异表达,这提示了 lncRNA可能参与调控病毒复制。目前,已发现少数差异表达的lncRNA在HIV-1感染中扮演着重要角色,但仅发现 lncRNA GAS5（long noncoding RNA growth arrest-specific transcript 5）在HIV-1感染后表达下调,尚无GAS5参与HIV-1复制的相关研究报道,且GAS5参与HIV-1复制的分子机制也不清楚。目的:初步探讨GAS5在HIV-1NL4-3病毒复制中的作用与功能,为未来设计治疗HIV-1病毒感染的药物或疫苗提供实验依据与新的思路。方法:将 pcDNA3.1（-）、pcDNA3.1（-）-GAS5、GAS5-siRNA-1/2、NC-siRNA、pNL4-3.Luc.R-E-以及内参质粒pRL-TK、辅助质粒pVSV-G共转染至293T细胞或Jurkat细胞,待48h后,利用双荧光素酶报告基因检测实验（Luciferase）初步检测GAS5过表达质粒,GAS5-siRNA-1/2对HIV-1NL4-3基因的影响;利用荧光实时定量PCR实验（RT-PCR）检测GAS5过表达质粒、GAS5-siRNA-1/2对HIV-1NL4-3 gag和pol基因的mRNA表达水平的影响;利用免疫印迹实验（Western bloting）检测GAS5过表达质粒、GAS5-siRNA-1/2对HIV-1 p24蛋白和Tat蛋白表达水平的影响;通过生物信息学软件Genomica、starBase v2.0对GAS5与可能相互作用的microRNA进行预测,找到GAS5与miR-873可能的结合序列,进一步按照pmirGLO表达载体说明书要求,将设计合成的预测结合片段序列miR-873-WT及突变的错配序列 miR-873-Mut 连入 pmirGLO 表达载体,得到 pmirGLO-miR-873-WT 和pmirGLO-miR-873-Mut 报告质粒。将 GAS5、pmirGLO、pmirGLO-miR-873-WT、pmirGLO-miR-873-Mut 与内参质粒 pRL-TK 共转染 293T 细胞,48h 后,利用 Luciferase实验初步检测GAS5对miR-873的影响,并用RT-PCR实验进一步验证GAS5对miR-873的影响。方法同前,将 pHage-miR-873、Inhibitor-miR-873、pNL4-3.Luc.R-E-等共转染至 293T细胞或 Jurkat细胞,待48h后,利用 Luciferase实验初步检测 miR-873,Inhibitor-miR-873对 HIV-1NL4-3基因的影响;利用 RT-PCR 实验检测 miR-873,Inhibitor-miR-873 对HIV-1NL4-3 gag和pol基因的mRNA表达水平的影响;利用Western bloting实验检测miR-873、Inhibitor-miR-873 对 HIV-1 p24 蛋白表达水平的影响。结果:（1）在293T细胞中,Luciferase实验结果表明,GAS5对HIV-1NL4-3基因有显着的抑制作用（P<0.05）;在Jurkat和293T细胞中,RT-PCR实验结果表明,GAS5能够明显地降低HIV-1NL4-3 gag和pol基因的mRNA表达水平（P<0.05）;Western blotting实验结果表明GAS5能够显着降低HIV-1 p24蛋白和Tat蛋白的表达水平（P<0.05）。（2）在293T细胞中,Luciferase实验结果表明,GAS5与miR-873预测的结合位点存在相互作用（P<0.05）;在Jurkat和293T细胞中,RT-PCR实验结果表明,GAS5能够降低miR-873基因的表达（P<0.05）。（3）在293T细胞中,Luciferase实验结果表明,miR-873可以促进HIV-1NL4-3基因的表达（P<0.05）;在Jurkat和293T细胞中,RT-PCR实验结果表明,miR-873能促进HIV-1NL4-3 gag和p l基因的 mRNA 表达水平（P<0.05）;Western blotting 实验结果表明,miR-873能促进HIV-1 p24蛋白的表达水平（P<0.05）。结论:GAS5对HIV-1NL4-3有明显的抑制作用,其可能是通过抑制miR-873来实现。
韩婧婉[8]（2016）在《我国HIV-1流行毒株的分离鉴定及Rev蛋白第101位提前终止的生物效应研究》文中研究说明引发艾滋病的人类免疫缺陷病毒（HIV）具有高度的变异性。全球广泛传播的HIV-1分为M群、O群、N群和P群,HIV-1的M群包括9个亚型、72个流行重组毒株（CRFs）和无数独特重组毒株（URFs）。HIV-1不仅基因型高度多样,还有复杂的表型特征。主要包括复制能力和生长动力学、致细胞病变的作用、细胞嗜性、辅助受体使用和Env蛋白的V3环顶端氨基酸序列等。这些生物学表型特征之间有紧密的联系,并与HIV-1的致病性、传播能力、免疫逃逸及疾病进程密切相关。由于可代表体内病毒真实情况的HIV-1临床分离毒株难以获得,相对于基因序列水平的研究,表型研究的难度很大。正因如此,基因型研究获得的大量提示性结果也未能在表型层面得到验证。我国流行的HIV毒株复杂多样,主要流行毒株有B（包括Thai-B）、CRF01AE、CRF07BC和CRF08BC这4个基因型的毒株,还有大量新型重组毒株。目前,由于对我国HIV-1流行毒株生物学表型的研究缺乏,导致我们不能全面理解我国HIV-1流行毒株的生物学特征、不能科学解释近几年临床上发现的病程速率改变的现象,也极大地影响了疫苗等生物防治方法的研究。CRF07BC是在我国云南形成的以C亚型毒株为骨架插入B亚型片段的流行重组毒株,最初主要在吸毒人群中流行,近几年也扩散进入性传播人群特别是男男同性传播人群,占全国感染总数的35.5%。大量研究发现这个毒株具有独特的致病特征,例如,感染这个毒株的人初始CD4细胞计数相对较高病程进展可能较慢。然而此毒株的感染性和致病性相关因素目前尚缺乏研究。本研究首先进行了我国HIV-1流行毒株分离培养和全面的生物学表型特征研究,构建了具有充分多样性的毒株样本盘,并对我国常用的病毒载量和p24抗原检测试剂进行了评价。基于我们发现的以CRF07BC为代表的HIV-1C类病毒特有的Rev101提前终止现象,进行了Rev-RRE对复制和感染影响的研究。以期全面了解我国HIV-1流行毒株的表型特征,为揭示致病机制及生物防治研究奠定基础。第一章我国HIV-1流行毒株的分离鉴定和表型特征研究我国流行HIV-1毒株的基因型和表型的多样性对病毒传播和病程进展有显着影响。目前我国HIV-1多样性研究大多停留在序列和基因型层面,缺乏生物学表型研究,病毒表型多样性与毒力及致病性之间的关系亟待阐明。另外,hiv-1毒株的多样性和复杂性为艾滋病监测和诊断方法的完善,疫苗的研发和临床治疗带来了一系列挑战。目前缺少能代表我国hiv-1多样性的毒株样本盘用于对相关检测和生物防治方法的适用性评价。目的:分离培养我国流行的hiv-1毒株,对其复制能力和表型特征进行全面鉴定;建立一组能代表我国流行hiv-1毒株多样性并可以用于艾滋病检测方法评估的hiv-1样本盘。方法和结果:（1）样本的采集与病毒的分离培养:1)通过我国hiv-1耐药监测项目从10个省市收集48例hiv感染者的新鲜抗凝外周静脉血液样本,分离外周血单核细胞（pbmcs）,与健康供血者的pbmcs共培养,在生物安全3级实验室连续培养28天,期间定时补充细胞并扩大培养,获得我国2010年至2013年间hiv-1临床分离株14株。2)对我实验室2002年至2009年间初步分离的51株病毒进行扩大培养,获得稳定传代的病毒分离株16株。最终共获得30株高浓度（106-109cp/ml）、大量（>40ml）液氮冻存保种的病毒株。分离的病毒包括b（13例）,crf01ae（12例）和crf07bc（4例）三种我国广泛流行的毒株和较为罕见的g亚型（1例）毒株;传播途径包括血液传播（13例）、同性性传播（8例）、异性性传播（6例）、静脉吸毒传播（1例）及传播途径不明（2例）。（2）序列测定及基因型鉴定:对病毒基因组进行扩增和测序,得到6条hiv-1全长基因组序列、77条gag/pol区全长或envc2v3区序列（分别为25,27和25条）,经系统进化分析,证实30例样本包括如上所述4个亚型,且crf01ae毒株分属于3个传播簇。（3）复制动力学研究:p24抗原浓度大于2ng/ml的11株毒株中3株为相对快/高型（r/h）复制毒株,且均有致合胞体形成的能力（si）,其中一株crf01ae亚型的毒株复制能力极强,是参考毒株nl4-3的217倍。（4）通过envv3区序列预测env相关的表型:1)辅助受体使用:17株为使用ccr5辅助受体的m嗜性毒株,12株为使用cxcr4/ccr5的双嗜性毒株,有1例无法预测。快/高型复制且可致合胞体形成（syncytiainducing,si）的4个毒株都是x4/r5双嗜性,复制快/高但不致合胞体形成（non-syncytiainducing,nsi）的sx2010001只使用ccr5辅助受体;2)v3环顶端四肽包括gpgr,gpgq,gqgr,gpgh和gwgr共5种,复制相对较高的5个毒株的顶端四肽均为gpgr;3)糖基化位点:所有毒株的v3环糖基化位点为813个,其中17、30、36、42、98、131和137位为大部分毒株共有的糖基化位点,复制能力相对较高的5个毒株中有4个在第3位出现了n-糖基化,而其他毒株中均未出现此糖基化位点,提示可能与病毒的感染和复制能力相关。（5）根据pol区序列鉴定耐药突变位点:在得到pol区序列的27个毒株中有16个出现耐药突变位点,其中7个可能会出现中高度耐药,而其中2个未经治疗。（6）以30株hiv-1流行毒株作为样本盘对2种常用检测试剂进行评估:以30株病毒的培养上清液对nuclisenseasyqhiv-1version2.0和cobasampliprep/cobastaqmanhiv-1testversion2.0这2种病毒载量试剂盒进行评价,发现2种试剂盒对b亚型毒株的检测具有良好的一致性,而对crf01ae毒株检测的一致性相对较差,提示现有的试剂检测crf01ae毒株的病毒载量还有待改进。另外还评价了2种hiv-1p24抗原检测试剂。结论:获得了高浓度并大量冻存保种且人口学和生物学背景清晰的30株我国hiv-1流行毒株,具有充分的基因型和表型多样性。发现一株复制能力极强的crf01ae亚型毒株,发现常用的病毒载量试剂检测我国广泛流行的crf01ae毒株的一致性较差,提示需要针对crf01ae毒株改善性能。这项研究为揭示我国hiv-1的致病机制及生物防治研究奠定了基础。第二章hiv-1c类病毒rev蛋白第101位密码子提前终止现象及其生物效应研hiv-1的rev是病毒复制过程中的调节蛋白,通常由116个氨基酸组成,主要作用是特异性结合未剪辑及未剪辑完成的mrna上的rev蛋白反应元件（revresponseelement,rre）,帮助病毒mrna完成出核转运并进行后续表达。rre是病毒mrna经过多样化剪辑后,未剪辑或未剪辑完成的mrna的内含子上的一段rna,是rev蛋白结合mrna的靶标。通过rev与rre的相互作用,使得mrna得以转运出核膜完成表达。以往的研究主要针对欧美常见b亚型毒株rev蛋白的第3550位和第7384位氨基酸的两个主要功能域,未见对非b亚型rev蛋白及其c末端结构和功能的研究。在对我国部分地区hiv-1rev基因进行序列比对时,我们发现在绝大多数c亚型和以c为骨架的重组病毒,rev蛋白的第108位氨基酸（hxb2:101位）出现了一个提前终止密码子（prematureterminationcodon,ptc）,这在其它亚型毒株中极少见到。目的:鉴定rev蛋白101位提前终止现象（rev101ptc）是否为hiv-1c类病毒所特有。分析其对rev-rre功能活性、病毒复制能力以及病毒进化和传播的可能影响。方法与结果:（1）比较rev101ptc在hiv各类毒株中出现的频率以确定其是否为c类病毒的特征:从losalamoshivdatabase下载了hiv-1各亚型共3041条可用的rev基因序列,逐条比对校正并翻译,发现rev101ptc在hiv-1c类病毒（c亚型和以c为骨架的重组病毒）中出现频率为93.8%,而在其它亚型中出现的频率为0.9%（p<0.001）,证明rev101提前终止现象为c类病毒所特有。（2）验证rev101ptc对病毒复制能力的影响:1)将b亚型感染性克隆pnl4-3上rev第101位密码子caa（非终止）突变为taa（终止）,转染hek293t细胞并包装出病毒,发现rev101ptc的引入导致b亚型nl4-3毒株的复制能力的大幅下降（约24个log值）。2)以crf07bc为c类病毒的代表,将其感染性克隆pxjdc6291-13上rev第101位密码子taa（终止）突变为caa（非终止）,将突变前后质粒转染hek293t细胞,发现突变前后病毒的p24抗原（gag-pol编码）表达水平无差异。3)对编码rev蛋白的mrna进行二级结构预测,分析rev101ptc对B和crf07bc两个毒株revmrna二级结构的影响。发现rev101ptc的引入造成b亚型revmrna的“茎环”易位,显着改变其二级结构;而rev101ptc存在与否对crf07bcrevmrna的二级结构并无影响,只是“茎状”结构上一个gu配对变为gc配对。4)为了验证rev101ptc的引入是否会影响rev蛋白的表达水平,将2种亚型rev101密码子突变前后的表达质粒等量转染hela细胞,通过westernblot检测rev蛋白表达水平。发现revb>revbmut（101ptc）,而rev07bc（101ptc）≈rev07bcmut,说明rev101ptc对b亚型rev蛋白的表达有影响,而对crf07bc的rev蛋白的影响不明显。（3）构建gagpol-rre报告基因表达体系并验证rev101ptc和不同基因型的rre对rev-rre复合体功能的影响:构建b和crf07bc毒株有和没有101ptc的4个rev表达质粒（pcdna3.1（+）-rev-b、pcdna3.1（+）-rev-bmut（101ptc）、pcdna3.1（+）-rev-07bc（101ptc）和pcdna3.1（+）-07bcmut）;构建b和crf07bc毒株的rre连接gag-pol基因的2个报告基因质粒（pcdna3.1（+）-gagpol-rreb和pcdna3.1（+）-gagpol-rre07bc）。将2个报告基因质粒分别与4个rev表达质粒配对,组成8个反应体系。用不同浓度梯度的rev表达质粒与报告基因质粒共转染,外源rev蛋白就结合报告基因质粒上的rre,帮助与之相连的gag-pol基因完成出核表达,检测培养上清液中gag-pol的表达产物（p24抗原）,绘制p24含量随rev表达质粒浓度变化的曲线,以曲线上升段线性拟合的斜率为指标衡量rev-rre的相对活性。对得到的8组数据分别从rev和rre的角度进行比较分析:1)rev101ptc对rev-rre活性的影响:只有在rev和rre均为b亚型时,rev101ptc才使rev-rre的功能活性显着下降（p=0.0017）,其他组合rev-rre的功能活性均无显着变化;而不论是否有rev101ptc,使用b亚型rre组合的rev-rre功能活性均显着高于使用crf07bc亚型rre的组合,提示rre的亚型特征对于rev-rre功能活性的影响比rev更大。2)rre亚型特征对于rev-rre活性的影响:只在与crf07bc的野生型rev（含rev101ptc）结合时,2种rre对rev-rre活性的影响才无显着性差异（p=0.074）。而与不含rev101ptc的rev07bcmut结合时,2种亚型RRE所造成的差异变得具有显着性（P=0.017）。与突变前后的RevB结合时,2种亚型RRE所造成的差异更大（P值分别为0.001和0.006）。（4）探究RRE上亚型特异性位点对Rev-RRE活性的影响:在2种亚型的RRE上选择处于Rev结合位点或影响其二级结构的4组关键位点及突变,分别引入2种亚型的GagPolRRE报告基因,构建8个质粒,将突变前后的RRE分别与相应的Rev结合,检测其对Rev-RRE功能活性的影响。结果显示,对于RRE B,T192A和G262AG264A突变导致Rev B-RRE B的功能活性显着降低（T192A:P=0.0005;G262AG264A:P<0.0001）。对于RRE 07BC,A111G-G120A和A262G-A264G导致Rev07-RRE07活性降低显着影响（P值分别为0.0171和0.0019）,而A192T则使其活性升高（P=0.0024）。提示192位碱基的改变对RRE功能的影响与两个亚型RRE本来的活性趋势一致;262-264位点的碱基在两个亚型间的正反向突变均会造成Rev-RRE活性的显着下降。结论:发现并证实Rev101提前终止密码是HIV-1 C类病毒特有的现象。它在B亚型Rev编码基因中的引入会显着降低B亚型病毒的复制能力,这可能是通过打乱原有mRNA二级结构影响Rev蛋白自身表达量来减少其它病毒蛋白的表达而造成的。但它的存在与否对HIV-1C类病毒的复制并无影响,这可能与其mRNA二级结构并不会因Rev101PTC而受到影响有关。C类病毒Rev蛋白可以兼容B亚型和C亚型的RRE,这可能是C类病毒Rev蛋白编码基因在所有已发现的B/C重组毒株中得以保留的原因,与C类病毒维持适应和传播优势有关。Rev101提前终止密码可能有助于C亚型Rev维持其自身的稳定性或兼容性。两个亚型毒株RRE上第192位使用碱基的差异可能是造成两个亚型Rev-RRE的功能活性差异的原因之一;而两个亚型RRE上第262位和264位核苷酸对于维持Rev-RRE功能活性至关重要。
姚亚萍[9]（2013）在《浙江省2004-2011年HIV-1流行毒株的传播和进化研究》文中提出为了解浙江省HIV-1毒株的亚型分布、传播特征和流行趋势,我们在2004-2011年间募集部分HIV-1抗体阳性病例,采集静脉抗凝全血,提取前病毒DNA或病毒RNA,通过基因扩增、序列测定,获得HIV-1gag和pol基因片段。运用Mega等软件构建Neighbor-Joining系统进化树,分析基因亚型和遗传多样性;运用Simplot和RIP等软件分析新发重组毒株的重组断点；运用Bayesian系统进化分析并结合流行病学资料,探讨浙江省CRF01AE毒株的起源、传播和流行趋势。研究表明,流行早期,HIV-1通过异性性接触途径传播进入浙江,进而播散流行,从高危人群向一般人群扩散；近几年,男男性行为人群中的HIV-1播散快速,成为浙江省最主要受累群体。浙江省内流行毒株亚型多样,来源复杂,主要毒株类型为CRF01AE、CRF07BC、CRF08BC和B’（B）,约占93%。但也存在C, G. CRF02AG, CRF06CPX等其他类型以及01B新发重组毒株（3个病例）和CRF07BC/08BC再重组毒株（5个病例）,表明浙江HIV流行毒株类型复杂,疫情活跃,感染不同毒株的高危人群间存在交叉现象。这些特征符合浙江省艾滋病疫情多种途径、多种来源、以性接触传播为主的传播流行方式。从基因距离和Neighbor-Joining系统进化树判断,B亚型最早进入浙江,然后是B’、CRF01AE、 CRF08BC、CRF07BC。Bayesian系统进化分析显示,CRF01AE毒株1998年前后传播进入浙江,通过异性性接触和男男性行为进行广泛播散,并逐步成为浙江省的优势毒株。系统进化分析提示浙江与广西、江西和安徽等省病例具有直接或间接流行病学关联性。动态分析表明浙江省HIV疫情活跃,流行毒株复杂。浙江应加强与江西、安徽等周边省份联系,制定针对重点人群的预防和干预措施,提高防控效率,控制疫情蔓延。
尚诚彰[10]（2012）在《HIV-1 gag、env和pol基因变异研究》文中研究说明本研究对HIV-1gag、env和pol基因的序列变异特征进行分析,以了解研究人群的HIV-1亚型流行,gag、env和pol基因准种变异,gag基因抗原表位变异,env基因序列变异和pol基因耐药性突变等情况,进一步探索HIV-1的gag、env和pol基因变异特征,为HIV-1基因变异与流行和艾滋病疾病进展基础研究提供参考数据。本研究采集60份山西省某县经过抗病毒治疗的既往献血者的HIV-1阳性全血样本,主要研究gag基因的p17-p24、env基因的V3～V5和pol基因的PR-RT区段。使用巢式PCR成功扩增并测序获得45份gag、39份env和47份pol基因PCR序列。将巢式PCR纯化产物连接T载体构建重组克隆,随机挑取阳性克隆进行菌落PCR鉴定并测序。获得相应样本的克隆序列：gag基因为827份、env基因为798份、pol基因为812份。通过对45份gag基因PCR序列的系统进化树进行分析,发现除1份与07BC重组型参考株聚集以外,其他均与B.FR.HXB2、B.CN.RL42和B.TH.92TH014Cg等参考株聚集；再经过计算基因离散率和基因同源性,发现结果与进化树分析一致,说明本研究样本人群HIV-1感染亚型主要为B’亚型。分别计算各样本gag、env和pol基因克隆序列的基因离散率和熵值,并使用SPSS13.0软件进行统计学分析,发现这三段基因片段的准种变异程度各不相同。对三段基因均成功扩增的29份样本进行分析,发现同一样本内三段基因的准种变异有显着性差异（P=0.02；P=0.033）。再对两两基因进行比较,结果显示env和gag、pol之间准种变异存在显着性差异,gag和pol之间准种变异无显着性差异。通过计算ds/dn对选择压力进行分析,结果表明gag、pol基因均受到负向选择压力；env基因V3区主要受到正向选择压力,说明V3区受到为逃避中和抗体识别而驱动的选择压力。根据已发现的我国常见HLAI类基因分布类型和已发表的HIV-1CTL抗原表位,我们选取了8个CTL抗原表位对本研究中gag基因抗原表位变异情况进行分析。发现共有4个表位发生突变,其中p17区段的3个表位中有8个突变位点,p24区段的1个表位中有1个突变位点,同时在克隆序列中发现p24区抗原表位的少数突变。结果说明p24区的抗原表位比p17区保守,并在准种中存在着p24区抗原表位的少数变异。本研究中主要发现6种V3环顶端四肽形式：GPGR、GPGQ、GQGR、GPGA、 GLGR和GPGK,另外在克隆中发现4种低频率的四肽形式：GPGL、GPGG、RPGR和GPAR,说明V3环顶端四肽形式在准种中变异不大,提示我们该样本地区经过10多年的HIV-1流行,V3环顶端四肽形式比较稳定。使用网上工具Geno2pheno [co-receptor]对39份env基因PCR序列辅助受体使用情况进行预测,预测结果显示使用CCR5辅助受体为27份（69.23%）,使用CXCR4辅助受体为12份（30.77%）。根据预测结果将env基因序列分为CCR5和CXCR4两组,对env基因N-糖基化位点进行分析,发现两组间有9个位点分布存在显着性差异：在R5组中N300位显着高于X4组,说明这个位点可能是R5毒株的特征性糖基化位点；R5组中显着高于X4组的位点有位于V4区的386、396、398和V5区的460、461位；X4组显着高于R5组的有位于C3区的362和V4区的398、413位。结果显示本研究中R5毒株和X4毒株的N-糖基化模式存在差异。另外,env基因中N-糖基化位点均有不同程度的丢失,其中与中和抗体2G12表位识别有关的位点丢失率均不高：N295（17.95%）、N332（2.56%）和N392（2.56%）,说明该中和表位较为保守通过使用斯坦福大学HIV耐药数据库对pol基因序列进行耐药性分析,发现PIs耐药性突变位点28个,其中在克隆序列中发现主要耐药性突变位点4个：N88D、L76V、N88S和150V；发现6份PCR序列表现出对1种或多种RTIs具有耐药性,并在31份（含前6份）样本的克隆序列中均发现RTIs耐药性突变。只在克隆序列中发现的PIs.NRTIs.NNRTIs耐药性突变位点,分别占其总数的89.29%、72.72%和50.00%,并且它们的发生频率均较低：PIs耐药性突变率在0.12～6.47%之间；NRTIs耐药性突变率在0.12～0.47%之间；NNRTIs耐药性突变率在0.12-1.86%之间。本研究中出现频率最高的NRTIs耐药性突变为M41L（1.98%）、T215Y（1.98%）、M184V（1.63%）和L210W（1.16%）; NNRTIs耐药性突变为V179E（3.61%）、K103R（3.14%）、G190S（1.98%）、V108I （1.63%）、G190A（1.28%）、和K103E（0.35%）。耐药性分析结果显示该地区发现的耐药性突变主要对治疗方案AZT/DDI/NVP产生耐药性,部分样本人群已经对现行的治疗方案产生了耐药性（12.77%）,并在体内存在着大量的低频率耐药性突变位点,提示有必要对上述抗病毒治疗人群开展耐药性检测。
二、河南及上海患者的HIV-1 gag基因p24蛋白编码序列及亚型初步分析（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、河南及上海患者的HIV-1 gag基因p24蛋白编码序列及亚型初步分析（论文提纲范文）
（1）LncRNA NKILA通过抑制NF-κB信号传导调节HIV-1复制及潜伏（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| abstract |
| 中英文对照表 |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 人类免疫缺陷病毒及抗病毒因子 |
| 1.1.1 HIV简介 |
| 1.1.2 抗病毒因子及其与HIV-1 的相互作用 |
| 1.2 NF-κB简介及其在HIV-1 生命周期中的作用 |
| 1.3 长链非编码RNA及其抗HIV-1 病毒作用 |
| 1.3.1 长链非编码RNA及其与HIV的相互作用 |
| 1.3.2 LncRNA NKILA及其研究现状 |
| 1.4 创新点 |
| 第2章 材料与方法 |
| 2.1 仪器、材料与试剂 |
| 2.1.1 主要实验仪器 |
| 2.1.2 主要试剂与材料 |
| 2.1.3 质粒与细胞系 |
| 2.1.4 引物合成与质粒测序 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 质粒构建 |
| 2.2.2 细胞复苏、细胞传代及细胞转染 |
| 2.2.3 短干扰RNA(siRNA)的化学合成 |
| 2.2.4 PBMC分离及CD4+T 细胞分离 |
| 2.2.5 RNA提取与实时荧光定量PCR |
| 2.2.6 HIV-1 的产生,感染及检测 |
| 2.2.7 核质分离 |
| 2.2.8 Western Blot实验 |
| 2.2.9 荧光素酶报告系统实验 |
| 2.2.10 Ch IP-qPCR |
| 2.2.11 统计学分析 |
| 第3章 结果与讨论 |
| 3.1 NKILA有效地抑制了HIV-1 病毒复制 |
| 3.1.1 过表达NKILA对 HIV-1 复制具有显着的抑制作用 |
| 3.1.2 敲低NKILA促进了HIV-1 复制 |
| 3.1.3 NKILA对 HIV-1 的抑制作用于PMEPA1 无关 |
| 3.1.4 过表达NKILA能有效抑制HIV-1对T细胞的感染 |
| 3.1.5 敲低NKILA促进了HIV-1对T细胞的感染 |
| 3.2 NKILA通过抑制HIV-1 LTR活性抑制HIV-1 转录起始和延伸 |
| 3.2.1 NKILA对 NF-κB活性具有抑制作用 |
| 3.2.2 NKILA显着抑制HIV-1 的转录起始和延伸 |
| 3.2.3 过表达NKILA显着抑制HIV-1 LTR活性并具有广谱性 |
| 3.2.4 敲低NKILA会增加LTR驱动的基因表达 |
| 3.3 NKILA对 HIV-1 的抑制作用需要HIV-1 LTR的 NF-κB位点 |
| 3.4 NKILA干扰NF-κB的功能区对HIV-1 的限制作用是必须的 |
| 3.5 NKILA能抑制不同HIV-1 亚型的复制 |
| 3.5.1 过表达NKILA抑制了不同亚型HIV-1 毒株的复制 |
| 3.5.2 NKILA突变体失去了对不同亚型HIV-1 病毒的抑制能力 |
| 3.6 HIV-1 复制能够下调NKILA的表达 |
| 3.6.1 NKILA的表达与HIV-1 感染和复制呈负相关 |
| 3.6.2 不同亚型的HIV-1 病毒均可引起NKILA表达下调 |
| 3.6.3 HIV-1 潜伏细胞系中NKILA表达量高于急性感染HIV-1 的细胞 |
| 3.7 NKILA与 HIV-1 激活负相关 |
| 3.7.1 NKILA与 HIV-1 激活呈负相关 |
| 3.7.2 NKILA有助于维持HIV-1 潜伏期 |
| 3.7.3 在临床中NKILA与治疗前呈负相关 |
| 3.8 讨论 |
| 第4章 结论 |
| 参考文献 |
| 作者简介及在学期间取得的科研成果 |
| 致谢 |
（2）昆明地区HIV抗病毒治疗失败毒株基因变异及耐药现况研究（论文提纲范文）
| 缩略词表 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 HIV-1基因型耐药突变位点研究现况 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间获得的学术成果 |
| 致谢 |
（3）HIV-1 CRF07BC P6Gag蛋白突变对病毒释放、成熟、感染和复制的影响及其机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 前言 |
| 1.1 HIV的起源与流行 |
| 1.2 HIV-1病毒及基因组结构 |
| 1.3 HIV-1 P6蛋白介导病毒出芽释放 |
| 1.4 HIV-1 CRFO7_BCp6蛋白研究概况 |
| 1.5 开展本研究的意义 |
| 第二章 HIV-1 p6突变病毒的释放、成熟、感染力和复制能力研究 |
| 2.1 材料 |
| 2.2 方法 |
| 2.3 结果 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 影响HIV-1 p6突变病毒表型的分子机制研究 |
| 3.1 材料 |
| 3.2 方法 |
| 3.3 结果 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 本章小结 |
| 3.6 研究不足 |
| 全文总结 |
| 研究成果 |
| 结论 |
| 本课题创新之处 |
| 参考文献 |
| 英文缩略词表 |
| 攻读博士学位期间成果 |
| 致谢 |
（4）中国无偿献血人群HIV-1分子流行病学及耐药基因突变研究（论文提纲范文）
| 英文缩略词 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 1. 材料和方法 |
| 1.1. 材料 |
| 1.1.1. 仪器 |
| 1.1.2. 主要实验耗材 |
| 1.1.3. 主要实验试剂 |
| 1.1.4. 主要分析软件和工具 |
| 1.2. 方法 |
| 1.2.1. HIV-1亚型分析 |
| 1.2.1.1. 样本入组 |
| 1.2.1.2. 引物设计 |
| 1.2.1.3. HIV-1核酸提取 |
| 1.2.1.4. RT-PCR |
| 1.2.1.5. 巢式PCR |
| 1.2.1.6. 序列编辑与分析 |
| 1.2.1.7. 统计学方法 |
| 1.2.2. HIV-1耐药突变分析 |
| 1.2.2.1. 序列编辑与分析 |
| 2. 结果 |
| 2.1. 研究对象人口统计学特征 |
| 2.2. HIV-1基因亚型分布 |
| 2.3. HIV-1耐药突变 |
| 2.3.1. 蛋白酶抑制剂(PIs)耐药突变 |
| 2.3.2. 非核苷酸类逆转录酶抑制剂(NNRTIs)耐药突变 |
| 2.3.3. 整合酶抑制剂(INSTIs)耐药突变 |
| 3. 讨论 |
| 3.1. HIV-1人口统计学特征与基因型分布 |
| 3.2. HIV-1耐药突变分析 |
| 参考文献 |
| 附录1. 参考序列及样本GenBank序列号 |
| 附录2. 测序峰图 |
| 附录3. URFs基因组图谱 |
| 附录4. 献血者HIV-1基因分型详情 |
| 论文综述 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简介 |
（5）广西和越南北部HIV-1分子流行病学及耐药研究（论文提纲范文）
| 个人简历 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 第一部分 广西和越南北部HIV-1 分子流行病学研究 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 参考文献 |
| 第二部分 广西和越南北部HIV-1 耐药及其影响因素研究 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 参考文献 |
| 第三部分 综述 遗传聚类分析用于HIV精准预防 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表的论文及参与的项目 |
（6）基于CRISPR/Cas9技术同时靶向辅助受体CXCR4和CCR5的HIV-1基因治疗初步探究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 第一章 引言 |
| 1.1 CRISPR/Cas9发现和研究历史 |
| 1.2 真核生物中CRISPR/Cas9的建立 |
| 1.3 CRISPR/Cas9技术的原理 |
| 1.4 CRISPR/Cas9技术的优势 |
| 1.5 CRISPR/Cas9技术和脱靶效应 |
| 1.6 CRISPR/Cas9技术在基因编辑方面的研究 |
| 1.6.1 CRISPR/Cas9技术和疾病研究 |
| 1.6.1.1 CRISPR/Cas9技术和动物模型构建 |
| 1.6.1.2 修复突变基因 |
| 1.6.1.3 诱导多能干细胞和基因编辑 |
| 1.6.1.4 CRISPR/Cas9技术和肿瘤研究 |
| 1.6.2 CRISPR/Cas9技术在高通量筛选功能基因中的作用 |
| 1.7 CRISPR/Cas9技术和病毒的研究 |
| 1.7.1 隐性感染 |
| 1.7.2 显性感染 |
| 1.7.3 CRISPR/Cas9技术为病毒研究带来的机遇 |
| 1.8 CRISPR/Cas9技术和艾滋病的基因治疗 |
| 1.8.1 艾滋病的流行病学 |
| 1.8.2 HIV病毒 |
| 1.8.2.1 HIV病毒的分型 |
| 1.8.2.2 HIV病毒的传播途径 |
| 1.8.2.3 HIV病毒的结构 |
| 1.8.2.4 HIV病毒的基因组及其编码的相关蛋白 |
| 1.8.3 HIV病毒感染和其辅助受体 |
| 1.8.3.1 CXCR4 |
| 1.8.3.2 CCR5 |
| 1.8.4 艾滋病的主要临床表现 |
| 1.8.4.1 急性期 |
| 1.8.4.2 无症状期 |
| 1.8.4.3 艾滋病期 |
| 1.8.5 艾滋病的治疗 |
| 1.8.5.1 艾滋病常规治疗 |
| 1.8.5.2 艾滋病联合用药治疗 |
| 1.8.5.3 艾滋病联合用药的局限性 |
| 1.8.5.4 艾滋病的基因治疗 |
| 1.9 基于CRISPR/Cas9技术双敲除HIV共受体CXCR4和CCR5对HIV治疗的意义 |
| 第二章 实验材料和实验方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 质粒和细胞 |
| 2.1.2 仪器耗材和试剂 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 分子生物学相关技术 |
| 2.2.1.1 载体构建 |
| 2.2.1.2 质粒转化 |
| 2.2.1.3 DNA片段回收 |
| 2.2.1.4 细胞基因组提取 |
| 2.2.1.5 T7核酸内切酶实验(T7E1实验) |
| 2.2.1.6 脱靶分析 |
| 2.2.1.7 深度测序 |
| 2.2.1.8 去内毒素质粒提取 |
| 2.2.1.9 感受态的制备 |
| 2.2.1.10 Western杂交 |
| 2.2.2 细胞实验技术 |
| 2.2.2.1 细胞培养和传代 |
| 2.2.2.2 细胞保种和复苏 |
| 2.2.2.3 细胞转染技术 |
| 2.2.2.4 分离PBMC技术 |
| 2.2.2.5 流式细胞仪检测CXCR4和CCR5的表达 |
| 2.2.2.6 细胞凋亡的检测 |
| 2.2.2.7 电穿孔 |
| 2.2.2.8 基因编辑细胞的富集实验 |
| 2.2.3 病毒实验技术 |
| 2.2.3.1 慢病毒包装和感染 |
| 2.2.3.2 HIV-1病毒感染实验 |
| 2.2.3.3 HIV-1 P24 ELISA实验 |
| 第三章 结果和分析 |
| 3.1 立项依据 |
| 3.2 双敲除CXCR4和CCR5质粒lenti-X4R5-Cas9的构建 |
| 3.3 lenti-X4R5-Cas9介导的TZM.bl细胞表面HIV-1共受体的敲除可以抑制HIV-1的复制 |
| 3.4 同时敲除悬浮细胞Jurkat T细胞表面的HIV-1共受体抑制HIV-1的感染 |
| 3.5 HIV-1病毒感染可以促使编辑的细胞产生富集 |
| 3.6 lenti-X4R5-Cas9对人原代CD4~+T细胞编辑 |
| 3.7 lenti-X4R5-Cas9对原代CD4~+T细胞共受体的编辑不产生明显脱靶效应 |
| 3.8 原代CD4~+T细胞表面CXCR4和CCR5的同时被编辑不影响细胞的凋亡 |
| 3.9 研究总结 |
| 研究讨论和展望 |
| 参考文献 |
| 缩略词表 |
| 攻博期间发表的科研成果 |
| 致谢 |
（7）长链非编码RNA GAS5抑制HIV-1复制的初步研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 引言 |
| 材料与方法 |
| 结果与分析 |
| 讨论 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士学位期间的研究成果 |
| 致谢 |
（8）我国HIV-1流行毒株的分离鉴定及Rev蛋白第101位提前终止的生物效应研究（论文提纲范文）
| 缩略词表 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 第一章 我国HIV-1 流行毒株的分离鉴定和表型特征研究 |
| 1.1 研究背景 |
| 1.2 实验材料 |
| 1.2.1 病人血液标本 |
| 1.2.2 病毒分离培养上清液 |
| 1.2.3 人外周血单核细胞 |
| 1.2.4 细胞培养基 |
| 1.2.5 主要试剂 |
| 1.2.6 主要实验仪器 |
| 1.2.7 相关软件 |
| 1.2.8 引物 |
| 1.2.9 主要耗材 |
| 1.2.10 统计学方法 |
| 1.3 实验方法 |
| 1.3.1 病毒的分离与培养 |
| 1.3.2 病毒基因的扩增和测序及基因型多样性分析 |
| 1.3.3 复制动力学曲线检测 |
| 1.3.4 表型预测 |
| 1.3.5 耐药突变的确定 |
| 1.3.6 病毒载量检测方法和p24抗原检测方法的评估 |
| 1.4 结果 |
| 1.4.1 病毒的分离和扩大培养 |
| 1.4.2 病毒基因的扩增测序及基因型多样性分析 |
| 1.4.3 复制动力学曲线的测定 |
| 1.4.4 辅助受体/V3环顶端四肽/V3环糖基化位点预测结果 |
| 1.4.5 耐药突变的确定 |
| 1.4.6 p24抗原检测方法和病毒载量检测方法的评估 |
| 1.5 讨论 |
| 第二章 HIV-1 C类病毒Rev蛋白第101位提前终止密码子及其生物效应研究 |
| 2.1 研究背景 |
| 2.2 实验材料 |
| 2.2.1 质粒 |
| 2.2.2 细胞 |
| 2.2.3 细胞培养基 |
| 2.2.4 抗体 |
| 2.2.5 引物 |
| 2.2.6 主要仪器 |
| 2.2.7 其它耗材 |
| 2.2.8 相关软件 |
| 2.2.9 统计学方法 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 不同基因型HIV-1 中Rev101PTC出现频率的统计及比较 |
| 2.3.2 Rev101PTC对B和CRF07_BC毒株复制能力的影响 |
| 2.3.3 Rev-RRE功能活性测定 |
| 2.3.4 RRE亚型特异性位点对于Rev-RRE活性的影响 |
| 2.4 实验结果 |
| 2.4.1 Rev101PTC是HIV-1 C亚型和C类重组型的亚型特征 |
| 2.4.2 Rev101PTC降低B毒株复制但对CRF07_BC蛋白表达无影响 |
| 2.4.3 Rev101PTC和RRE亚型特征对Rev-RRE活性的影响 |
| 2.4.4 部分RRE亚型特异性位点对Rev-RRE活性的影响 |
| 2.5 讨论 |
| 研究结论 |
| 参考文献 |
| 个人简历 |
| 致谢 |
（9）浙江省2004-2011年HIV-1流行毒株的传播和进化研究（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 1 引言 |
| 2 实验材料和方法 |
| 2.1 研究对象和样本处理 |
| 2.2 实验仪器、试剂和耗材 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.4 序列结果分析 |
| 2.5 统计分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 研究样本的分布与特征 |
| 3.2 浙江省HIV-1亚型分布情况 |
| 3.3 浙江省流行毒株的进化分析 |
| 3.4 同性恋和异性恋人群HIV-1流行特征分析 |
| 3.5 浙江省HIV-1毒株传播关系分析 |
| 3.6 新的重组毒株的发现和验证 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 作者简历及在读期间所取得的科研成果 |
（10）HIV-1 gag、env和pol基因变异研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 英文缩略词 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 HIV的流行和分型 |
| 1.2 我国HIV流行情况 |
| 1.3 HIV病毒基因变异与分子进化 |
| 1.3.1 HIV病毒 |
| 1.3.2 HIV的基因变异与准种的发生 |
| 1.3.3 HIV的分子进化 |
| 1.4 HIV抗病毒治疗与耐药性 |
| 1.5 HIV低频率耐药性突变研究进展 |
| 1.5.1 HIV-1低频率耐药性突变 |
| 1.5.2 HIV-1低频率耐药性突变的检测方法 |
| 1.5.3 HIV-1低频率耐药性突变对抗病毒治疗的影响 |
| 1.5.4 HIV-1低频率耐药性突变研究展望 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 研究样本 |
| 2.1.2 实验试剂和耗材 |
| 2.1.3 实验仪器和设备 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 全血样本中HIV cDNA的提取 |
| 2.2.2 模板DNA浓度测定 |
| 2.2.3 巢式聚合酶链式反应(Nested-PCR) |
| 2.2.4 巢式PCR产物纯化 |
| 2.2.5 巢式PCR产物克隆 |
| 2.2.6 菌落PCR(Colony PCR) |
| 2.2.7 核酸序列测定 |
| 2.3 数据处理 |
| 第三章 结果与分析 |
| 3.1 巢式PCR和菌落PCR产物鉴定 |
| 3.1.1 gag基因巢式PCR和菌落PCR产物鉴定 |
| 3.1.2 env基因巢式PCR和菌落PCR产物鉴定 |
| 3.1.3 pol基因巢式PCR和菌落PCR产物鉴定 |
| 3.2 基因分型 |
| 3.2.1 gag基因进化树分析 |
| 3.2.2 gag基因与国际参考株基因离散率和基因同源性分析 |
| 3.3 gag、env、pol基因序列基因离散率和熵值分析 |
| 3.3.1 gag、env、pol基因PCR序列基因离散率 |
| 3.3.2 gag、env、pol基因克隆序列基因离散率 |
| 3.3.3 gag、env、pol基因PCR序列熵值 |
| 3.3.4 gag、env、pol基因克隆序列熵值 |
| 3.4 gag、env、pol基因选择压力分析 |
| 3.5 gag基因序列变异特征分析 |
| 3.5.1 P17区序列变异特征 |
| 3.5.2 gag基因抗原表位 |
| 3.6 env基因序列变异特征分析 |
| 3.6.1 V3环顶端四肽序列特征 |
| 3.6.2 辅助受体使用预测 |
| 3.6.3 N-糖基化位点 |
| 3.7 pol基因耐药性突变分析 |
| 3.7.1 pol基因多态性 |
| 3.7.2 pol基因耐药性 |
| 第四章 讨论与结论 |
| 4.1 讨论 |
| 4.1.1 HIV-1亚型流行特征 |
| 4.1.2 gag、env、pol基因变异程度与准种变异比较 |
| 4.1.3 选择压力分析 |
| 4.1.4 gag基因抗原表位变异 |
| 4.1.5 env基因序列变异特征 |
| 4.1.6 耐药性突变分析 |
| 4.2 结论 |
| 4.3 创新点 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 |
四、河南及上海患者的HIV-1 gag基因p24蛋白编码序列及亚型初步分析（论文参考文献）
- [1]LncRNA NKILA通过抑制NF-κB信号传导调节HIV-1复制及潜伏[D]. 杨静. 吉林大学, 2020(08)
- [2]昆明地区HIV抗病毒治疗失败毒株基因变异及耐药现况研究[D]. 潘小满. 昆明医科大学, 2020(02)
- [3]HIV-1 CRF07BC P6Gag蛋白突变对病毒释放、成熟、感染和复制的影响及其机制研究[D]. 程泽韬. 南方医科大学, 2019(09)
- [4]中国无偿献血人群HIV-1分子流行病学及耐药基因突变研究[D]. 赵俊鹏. 北京协和医学院, 2019(02)
- [5]广西和越南北部HIV-1分子流行病学及耐药研究[D]. 梁冰玉. 广西医科大学, 2018(07)
- [6]基于CRISPR/Cas9技术同时靶向辅助受体CXCR4和CCR5的HIV-1基因治疗初步探究[D]. 刘哲鹏. 武汉大学, 2018(09)
- [7]长链非编码RNA GAS5抑制HIV-1复制的初步研究[D]. 陈刘俊. 武汉大学, 2017(06)
- [8]我国HIV-1流行毒株的分离鉴定及Rev蛋白第101位提前终止的生物效应研究[D]. 韩婧婉. 中国人民解放军军事医学科学院, 2016(08)
- [9]浙江省2004-2011年HIV-1流行毒株的传播和进化研究[D]. 姚亚萍. 浙江大学, 2013(03)
- [10]HIV-1 gag、env和pol基因变异研究[D]. 尚诚彰. 四川农业大学, 2012(07)