一、短串联重复基因座突变率的分析研究（论文文献综述）
夏平平,梁沛妍,姚婷[1]（2021）在《30个InDel位点在广东揭阳汉族人群中的遗传多态性研究》文中研究指明采集200名广东揭阳汉族无关个体（142名男性,58名女性）外周血样,提取样本的DNA,对30个InDel位点进行复合扩增和分型检测,统计30个位点的基因频率分布及群体遗传学参数。结果显示,经Bonferroni法校正后,30个InDel位点在广东揭阳汉族人群中均符合Hardy—Weinberg平衡定律（P>0.05）。在广东揭阳汉族人群中平均杂合度（Ho）为0.600,平均期望杂合度（He）为0.400,平均个体识别力（DP）为0.626,平均多态信息总量（PIC）为0.354,平均非父排除率（PE）为0.165,累计非父排除率（CPE）为0.999999999999999999999999999997,累计个体识别率（CPD）为0.999999995422436。Investigator DIPplex试剂盒中包含的30个InDel位点在广东揭阳汉族人群中具有良好的遗传多态性,可作为法医遗传学实践中的补充工具。
张昊,胡锡阶,余丽梅[2]（2021）在《新一代测序技术在法医遗传学中的应用与研究进展》文中提出新一代测序（next generation sequencing, NGS）技术在第一代测序技术的基础上不断改良和创新, 具有通量高、速度快、灵敏度高、可定量和成本低等显着优势。近年来, 随着NGS技术迅猛发展, 新的分型检测技术和遗传标记不断运用到法医遗传学领域, 为DNA多态性检测提供了更多科学技术手段。NGS技术可联合检测STR、SNP、mtDNA和Indel等多种法医遗传标记, 在微量、降解、混合生物学检材和复杂亲缘关系鉴定等案件中, 能够获取更丰富有效的遗传信息, 不但提高了遗传标记的鉴别效能, 也拓宽了DNA鉴定技术的检测范围。本文主要综述了NGS技术在法医遗传学领域的应用和最新研究进展及面临的问题。
莫晓婷,杨成,吴俞衡,马温华,尚蕾,李万水[3]（2021）在《Y-STR单倍型匹配概率与基因座数量关系的构建》文中进行了进一步梳理目的本文探索一种衡量Y-STR系统效能的方法,应用种群结构参数θ构建Y-STR单倍型匹配概率与基因座数量关系模型,旨在分析影响Y-STR检测系统效能进入平台期的因素,确定进入平台期的基因座数量区间。方法预测了体系中每个数量基因座对应的所有可能基因座组合子集,统计每个子集对应的θ值。统计了DNATyper Y36（36）、Y filer plus（27）、PPY23（23）、Yfiler（17）等4个常用Y-STR检测系统在3个不同数量级模型库（873、9577和83 999条）的θ值,构建数量关系模型。此外,还统计了5个Y-STR案件样本在数据库中的检索结果以验证理论模型的推导结果。结果在θ最大值的拟合曲线中,DNATyper Y36系统在3个数量级数据库中进入平台期的节点分别是27、37和55个基因座;在θ最小值的拟合曲线中,该值分别是19、25和28个基因座。结论对数据库模型的研究表明,系统中Y-STR基因座数目的增加与θ值呈反比,随着基因座数目增加,其对θ值减小的影响逐渐降低,最终会进入"停滞效应",又称"平台期"。数据库容量决定了系统进入平台期的节点,数据库容量越大,则进入平台期的节点越靠后,体系中纳入GD值较高的Y-STR基因座及快速突变基因座可促使更快进入平台期。
刘志勇,任贺,陈冲,张京晶,张晓梦,石妍,石林玉,陈滢,程凤,贾莉,陈曼,范庆炜,张家榕,李万婷,王萌春,任子林,刘雅诚,倪铭,孙宏钰,严江伟[4]（2021）在《基于有限突变模型和大规模数据的19个常染色体STR的实际突变率研究》文中研究表明短串联重复序列（short tandem repeat, STR）已广泛用于法医学亲子鉴定和个体识别中,但STR的突变可能会影响其结果的解释。在大多数类似研究中,由于忽略"隐性"突变现象,STR的突变率被低估。鉴于此,为获得更加准确的STR实际突变率,本研究使用Slooten与Ricciardi提出的有限突变模型和大规模数据,对28,313例（78,739个体）中国北京汉族已确认亲生关系的亲子鉴定案的20个常染色体STR基因座（D3S1358、D1S1656、D13S317、Penta E、D16S539、D18S51、D2S1338、CSF1PO、Penta D、TH01、vWA、D21S11、D6S1043、D7S820、D5S818、TPOX、D8S1179、D12S391、D19S433和FGA;由于有限突变模型中未包含D6S1043的矫正参数,因此本文实际计算其余19个STR基因座的突变率）进行了调查。结果发现,所有基因座均存在突变现象,总计发生1665个突变事件,包括1614个一步突变,34个两步突变,8个三步突变和9个非整步突变。基因座特异性的平均实际突变率在三联体中为0.00007700 （TPOX）～0.00459050 （FGA）,在二联体中为0.00000000（TPOX）～0.00344850（FGA）。此外,本研究还分析了表面和实际突变率、三联体和二联体突变率、父源和母源的突变率之间的关系。研究表明,实际突变率多大于表面突变率,而且μ1*/μ2*（表面突变率）的比值通常也大于μ1/μ2 （实际突变率）（μ1*,μ1;μ2*,μ2分别是一步和两步的突变率）,即更多的"隐性"突变被释放出来。而且父源和母源的三联体和二联体的突变率也有存在差异。随后,将这些突变率数据与已发表的中国其他汉族人口的相关研究进行比较,展现出了STR突变率的时间与区域差异。由于样本量大,本研究中还报告了一些少见的突变事件,例如同卵双胞胎突变和"假四步突变"等。综上所述,本研究通过大量数据获得了接近真实的STR突变率的估计值,不仅可为中国法医DNA数据库和群体遗传学数据库提供重要的基础数据,也对开展法医学个体识别、亲权鉴定和遗传学研究具有重要的意义。
张幼芳,张巍,侯思如[5]（2021）在《云南回族人群17个常染色体STR基因座的遗传多态性》文中指出STR是当前法医DNA分析的主流遗传标记,具有较高的突变率,这虽然会影响法医分型判断和鉴定意见的准确性,但为群体遗传学提供了研究基础。因此,常染色体STR基因座被广泛运用于人类群体遗传学研究。本研究对云南回族人群17个常染色体STR基因座的遗传多态性进行调查,以期为法医学个体识别、亲权鉴定以及群体遗传学研究提供基础数据。
王美莹,于皓[6]（2021）在《19个短串联重复序列基因座在河南汉族人群中的遗传多态性分析》文中认为目的调查19个常染色体短串联重复序列（STR）基因座在河南汉族人群中的遗传多态性,对其在河南汉族人群法医学中的应用效能进行验证。方法随机选取河南事缘法医物证司法鉴定所2019—2020年日常接收案件中1 000个互不相关的河南汉族健康个体的样本。采用GoldeneyeTM20A免提取直扩试剂盒对19个常染色体STR基因座进行扩增及检测,统计其遗传多态性。结果在19个STR基因座中共检出245个等位基因和980种基因型。等位基因的频率为0.001～0.530,分布均符合Hardy-Weinberg平衡定律,累积个体识别能力（DP）为（1～1.814 99）×10-23,累积非父排除概率（PE）为0.999 999 988。结论本研究中19个常染色体STR基因座在河南汉族人群中具有较高的个体DP和亲权鉴定能力。
李运丽,宋诚诚,郝世诚,张金佩,刘岩,徐妍,袁丽[7]（2021）在《高变异Y染色体短串联重复片段检验体系的建立及对北方汉族群体调查》文中进行了进一步梳理【目的】建立一套五色荧光复合扩增体系,并调查中国北方汉族遗传多态性和父子家系突变情况。【方法】根据文献筛查出在中国某一群体中突变率为高变异和快速变异的Y-STR基因座,建立一套五色荧光Y-STR复合扩增体系,计算在500个北方汉族无关男性个体中的基因多样性,观察每个样本的Y-STR单倍型,并对中国北方汉族500个父子对进行检测,统计父子间的突变情况。【结果】成功构建了包含21个Y-STR基因座复合扩增检验体系,在北方汉族群体中基因多态性在0.402 3～0.990 4之间,500个无关个体中未发现有相同的单倍型。在500个父子对中观察到21个Y-STR基因座共发生134次突变,其中突变率最高的基因座是DYF399S1,为7.40×10-2;在DYS612、DYS547、DYS627、DYS526b、DYS576、DYS630、DYS449、DYF404S1、DYS390、DYS570和DYS518基因座上突变率≥1.00×10-2。此外,DYS626、DYS458和DYS439基因座突变率≥4.00×10-3。有97个父子家系出现1个基因座突变,16个家系同时出现2个基因座突变,仅有1个家系同时出现3个基因座突变,家系突变的概率为0.268。其中127次为一步突变,7次为两步突变,符合逐步突变模式。【结论】高变异Y-STR基因座能够有效区分具有父系亲缘关系的男性个体,可作为联合DNA索引系统（combined DNA index system,CODIS）常染色体和常规低突变Y-STR系统基因座的补充。
杨飞,董露斌[8]（2021）在《STR基因座突变对亲子鉴定准确性的影响研究》文中提出目的:探讨STR基因座突变对亲子鉴定准确性的影响。方法:选择2018年3月——2020年2月亲子鉴定标本3384份作为对象,标本采集包括:血样、口腔拭子等。将所有采集标本采用Chelex-100提取模板DNA,借助Identifilerplus试剂盒完成STR基因座突变中12个进行扩增,将最终获得的扩增产物经3500DX基因分子仪完成毛细血管电泳,并采用全自动分析仪,参考SF/ZJD0105001-2016技术完成亲权关系的确定。结果:子鉴定标本3384份中,支持亲子关系2122例,三联体875例,二联体1247例,合计观察到减数分裂1958次,16例基因座突变,突变率为0.82%。突变率排在前三位的分别为:D8S1179基因、D21S11基因、D2S1339基因和D19S433基因,分别占:0.204%、0.204%、0.102%和0.10%。结论:STR基因座在亲子鉴定中突变率相对较高,且父系突变比例相对较高,会对亲子鉴定结果产生影响。因此,亲子鉴定过程中应结合基因突变情况计算侵权指数,提高亲子鉴定准确性。
刘维妙[9]（2021）在《芸薹属基本种扩展蛋白基因家族的进化分析及花粉发育相关扩展蛋白基因的功能分化研究》文中指出花粉发育和授粉受精过程是开花植物完成有性生殖的重要环节。花粉发育异常会影响其功能的正常完成,进而影响后代的繁衍。授粉受精过程的顺利进行离不开花粉管正常的萌发和伸长。花粉管的萌发通常起始于成熟花粉粒的内壁。在花粉管快速伸长的过程中尤其需要细胞壁的快速扩展,众多细胞壁合成和重塑蛋白都参与其中。植物扩展蛋白（expansins,EXP）是一类重要的细胞壁重塑蛋白,可以与细胞壁的多糖组分结合,通过破坏细胞壁组分之间的非共价键引起植物细胞壁的松弛,促进植物细胞的生长。扩展蛋白基因家族被细分为四个亚家族,分别是EXPA（expansin A subfamily,扩展蛋白A亚家族）、EXPB（expansin B subfamily,扩展蛋白B亚家族）、EXLA（expansin like A subfamily,扩展蛋白类A亚家族）和EXLB（expansin like B subfamily,扩展蛋白类B亚家族）。虽然近年来扩展蛋白基因的功能被广泛研究,但是有关扩展蛋白基因在植物生殖发育阶段的功能以及有关EXPA和EXPB亚家族基因协调作用都还鲜有报道。本文以白菜‘矮脚黄’（Brassica campestris ssp.chinensis,syn.B.rapa ssp.chinensis cv.Aijiaohuang）核雄性不育两用系ajhGMS‘Bcajh97-01A/B’和黑芥（B.nigra cv.Z1411-02）以及甘蓝（B.oleracea cv.Jingfeng 1）为材料,对芸薹属三个二倍体基本种的扩展蛋白基因家族进行鉴定、进化和表达分析,明确三个基本种扩展蛋白基因家族的进化特征,为探究扩展蛋白基因在花粉和花粉管发育过程中的功能提供相关基础;由基因家族分析筛选到两个在白菜花粉发育后期和花粉管中高表达的基因BrEXPB4和BrEXPB9,通过人工microRNA技术研究BrEXPB4和BrEXPB9在白菜花粉和花粉管发育中的功能;采用CRISPR/Cas9技术和过表达技术对两者在模式植物拟南芥中的同源基因AtEXPB5进行生物学功能的分析,并对与其在花粉和花粉管发育阶段具有冗余功能的AtEXPA4进行验证;通过酵母单杂交和双荧光素酶实验对AtEXPB5和BrEXPB4/9可能参与的转录调控路径进行研究。取得的主要结果与结论如下:（1）通过三步分析法,鉴定了芸薹属三个基本种（白菜、甘蓝和黑芥）的扩展蛋白基因家族,并经与模式植物拟南芥的系统发育、基因结构和理化特性的比较分析对它们的扩张模式和进化细节进行了研究,发现经过独立的进化,扩展蛋白基因家族在这三个基本种中的相似性较多,而分歧较少。通过比较启动子和编码序列的差异,发现在拟南芥和三个基本种的直系同源物之间存在显着正相关性。随后的表达分析表明这三个物种的扩展蛋白基因家族中存在广泛的功能差异,特别是在生殖发育过程中筛选到两个在白菜花粉和花粉管发育阶段强烈表达的基因BrEXPB4和BrEXPB9。（2）通过烟草和洋葱瞬时表达体系进行亚细胞定位的结果表明,BrEXPB4和BrEXPB9都定位在细胞壁上,这与它们都具有信号肽结构的预测结果一致。通过荧光定量PCR和GUS基因报告系统进行的时空表达分析表明,BrEXPB4和BrEXPB9的表达模式也很相似,都是从单核花粉后期开始表达,并随着花粉的发育,表达量逐步升高,并且可以一直持续到花粉管中。（3）采用人工microRNA技术分别和同时抑制BrEXPB4和BrEXPB9的表达,进而对它们的生物学功能进行鉴定。当它们被单独抑制时,对植株的生长发育并没有造成明显的影响。然而当它们的表达被同时抑制时,却造成约50%的花粉败育,并不能正常萌发。对败育花粉的细致观察显示,花粉的败育起始于单核花粉晚期,进一步使小孢子细胞质和花粉内壁降解,最终造成花粉败育和萌发异常。（4）通过亚细胞定位和时空表达分析,发现AtEXPB5定位在细胞壁上,并且其编码基因在成熟花粉粒和花粉管中强烈表达。然而,无论是敲除AtEXPB5还是过表达AtEXPB5都未对拟南芥的生长发育造成显着影响。结合前人相关电子表达谱的研究,发现仅有AtEXPA4在生殖发育阶段与AtEXPB5具有相似的表达模式。构建了AtEXPA4的敲除和过表达材料,并通过杂交获得AtEXPA4和AtEXPB5的双突变体,观察发现在双突变体中,花粉管伸长的速度显着减缓,并且无论是AtEXPB5还是AtEXPA4都可以恢复双突变体花粉管伸长减缓的表型,说明AtEXPA4和AtEXPB5冗余地参与了花粉管的发育。（5）通过亚细胞定位和时空表达分析,发现AtEXPA4定位在细胞壁上,其编码基因不仅在生殖发育阶段表达,也在拟南芥的根中优势表达。主根长度和根分生区的测量结果表明,AtEXPA4对于主根的生长具有促进作用。（6）通过酵母单杂交和双荧光素酶实验表明,AtEXPB5的表达可由AtTDF1和AtAMS共同激活,而这一调控途径在白菜中并不保守。这说明AtEXPB5和BrEXPB4/9的生物学功能产生分化,并且参与不同的转录调控路径。BrEXPB4/9及其同源基因AtEXPB5在表达模式、功能和调控网络上显示出巨大差异说明在进化过程中,同源基因物也会产生功能和调控的变化。
李锦涛[10]（2021）在《运用DNA甲基化和SNP复合标记进行体液来源鉴定和个人识别探究》文中指出目的:利用精液特异性甲基化位点确证混合斑中精液的存在,同时利用精液特异性甲基化位点联合的SNP位点确证人群的多态性,并可利用这种多态性进行混合斑中精液供者的个体识别。方法:本课题先利用甲基化敏感型限制性内切酶法（MSRE）对基因组进行酶切,然后利用复合扩增技术（multiplex PCR）和单碱基延伸技术（SBE）对精液、唾液、血液、阴道分泌物特异性的甲基化位点和精液甲基化位点联合的SNP进行检测。构建了针对精液特异性的12个甲基化-SNP联合标记的复合扩增体系,其中甲基化位点12个,SNP位点16个,另外还有唾液、血液、阴道分泌物甲基化位点各一个,方法如下:（1）组织特异性甲基化位点选自文献,同时利用UCSC数据库的common SNP 151数据集在甲基化位点上下游400bp内寻找SNP位点。（2）对筛选出的甲基化-SNP联合标记利用Primer 3软件设计引物,设计时要求在扩增子序列中只有HhaⅠ、HpaⅡ、HpyCH4Ⅳ、BstUⅠ这四种甲基化敏感型限制性内切酶中的一种酶切位点。（3）对设计好的引物进行引物特异性验证,同时对甲基化位点进行组织特异性验证。（4）将所有引物进行复合扩增,并调整复合扩增体系。（5）利用SNaPshot技术检测组织特异性甲基化位点,并同时检测与精液特异性甲基化位点相邻的16个SNP位点,并得出分型结果。（6）对构建好的体系计算法医学参数。结果:1.成功构建了基于毛细管电泳平台（CE）利用SNaPshot技术检测12个精液特异性甲基化-SNP联合标记的体系,其中包括12个甲基化和16个SNP位点,另外还有检测了唾液、血液、阴道分泌物组织特异性甲基化位点各一个。2.对52个中国北方男性的精液进行了多态性统计,体系的个人识别能力达到0.9998。3.成功检测10 ng以上的精液DNA样本。4.可以成功检测精液与其余体液两两构成的混合斑中含量占50%以上的混合斑,并得到其中精液供者的SNP分型。5.可以成功区分由精液、血液、唾液、阴道分泌物四种体液构成的混合斑中组织的来源并得到精液供者的SNP分型。结论:我们建立了一种检测方法可以检测混合斑中精液、唾液、血液、阴道分泌物的组织来源,并可以同时得到精液供者的SNP分型。
二、短串联重复基因座突变率的分析研究（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、短串联重复基因座突变率的分析研究（论文提纲范文）
（1）30个InDel位点在广东揭阳汉族人群中的遗传多态性研究（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验样本采集 |
| 1.2 DNA提取、扩增及检测 |
| 1.3 统计学分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 广东揭阳汉族群体30个In Del位点的Hardy-Weinberg检验 |
| 2.2 广东揭阳汉族群体30个In Del位点的等位基因频率和相关法医学参数 |
| 2.3 广东揭阳汉族群体30个In Del位点的连锁不平衡检验 |
| 2.4 广东揭阳汉族群体和其他族群基于30个In Del位点的群体遗传学比较 |
| 3 讨论 |
（3）Y-STR单倍型匹配概率与基因座数量关系的构建（论文提纲范文）
| 1 材料和方法 |
| 1.1 数据 |
| 1.2 分析软件 |
| 1.3 数据统计分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 Y-STR单倍型匹配概率与基因座数量关系 |
| 2.2 实案样本在Y-STR DNA数据库中比对结果 |
| 3 讨论 |
（4）基于有限突变模型和大规模数据的19个常染色体STR的实际突变率研究（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 数据来源 |
| 1.2 突变率计算 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 突变分析 |
| 2.2 表面与实际突变率的比较 |
| 2.3 三联体和二联体组突变率的比较 |
| 2.4 父源和母源突变率的比较 |
| 2.5 突变步长与突变方向分析 |
| 2.6 杂合度与实际突变率的关系 |
| 3讨论 |
| 附录： |
（5）云南回族人群17个常染色体STR基因座的遗传多态性（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 样本 |
| 1.2 DNA提取、扩增及检测 |
| 1.3 统计学分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 等位基因频率分布及群体遗传学参数 |
| 2.2 遗传距离及系统发生树 |
| 3 讨论 |
（6）19个短串联重复序列基因座在河南汉族人群中的遗传多态性分析（论文提纲范文）
| 1 材料和方法 |
| 1.1 样本采集 |
| 1.2 检测方法 |
| 1.3 统计学方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 基因座等位基因分布 |
| 2.2 基因座等位基因遗传学参数 |
| 3 讨论 |
（7）高变异Y染色体短串联重复片段检验体系的建立及对北方汉族群体调查（论文提纲范文）
| 1 材料和方法 |
| 1.1 样本 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 基因座的筛选 |
| 1.2.2 引物的设计与合成 |
| 1.2.3 复合扩增体系的建立与引物优化 |
| 1.2.4 扩增片段的分离与检测 |
| 1.2.5 北方汉族群体及家系突变情况调查 |
| 2 结果 |
| 2.1 复合扩增体系的建立 |
| 2.2 基因多态性结果 |
| 2.3 父子突变率调查结果 |
| 3 讨论 |
（8）STR基因座突变对亲子鉴定准确性的影响研究（论文提纲范文）
| 一、资料与方法 |
| （一）临床资料 |
| （二）方法 |
| （三）统计分析 |
| 二、结果 |
| 三、讨论 |
（9）芸薹属基本种扩展蛋白基因家族的进化分析及花粉发育相关扩展蛋白基因的功能分化研究（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 缩略词 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 1 文献综述 |
| 1.1 植物扩展蛋白基因家族的研究进展 |
| 1.1.1 扩展蛋白的结构特点和起源 |
| 1.1.1.1 扩展蛋白的结构特点 |
| 1.1.1.2 扩展蛋白基因的起源 |
| 1.1.2 不同植物扩展蛋白基因家族成员的比较 |
| 1.1.3 进化过程中扩展蛋白基因亚家族的基因结构和结构域较保守 |
| 1.1.4 扩展蛋白基因在染色体上广泛分布 |
| 1.1.5 染色体片段重复是扩展蛋白基因家族主要扩张模式 |
| 1.1.6 扩展蛋白基因在不同植物组织中的表达丰度不同 |
| 1.2 扩展蛋白在植物生长发育中的作用 |
| 1.2.1 扩展蛋白基因在植物营养生长中的功能 |
| 1.2.1.1 种子萌发 |
| 1.2.1.2 根的生长发育 |
| 1.2.1.3 叶片的生长发育 |
| 1.2.2 扩展蛋白基因在植物生殖生长中的功能和调控 |
| 1.2.2.1 花粉管发育 |
| 1.2.2.2 果实成熟软化 |
| 1.3 花粉内壁的发育和调控 |
| 1.3.1 花粉壁的形成 |
| 1.3.2 花粉内壁发育的调控 |
| 1.3.2.1 参与拟南芥花粉内壁发育的基因及其调控机制 |
| 1.3.2.2 参与水稻花粉内壁发育的基因及其调控机制 |
| 1.4 花粉管的发育和调控 |
| 1.4.1 花粉管壁的组成和发育 |
| 1.4.2 细胞壁组分对花粉管生长的影响 |
| 1.4.2.1 果胶合成 |
| 1.4.2.2 纤维素合成 |
| 1.4.3 花粉管生长过程中细胞壁的重塑 |
| 1.4.3.1 细胞壁扩展蛋白和糖苷酶水解蛋白 |
| 1.4.3.2 阿拉伯半乳糖蛋白 |
| 1.4.3.3 果胶甲酯酶和果胶乙酰化酶 |
| 1.4.4 花粉管细胞壁结构蛋白的信号通路 |
| 1.4.4.1 细胞壁结构蛋白LRXs |
| 1.4.4.2 快速碱化因子家族RALFs |
| 1.4.4.3 类受体激酶CrRLK1Ls——ANX1/2和BUPS1/2 |
| 2 芸薹属三个基本种扩展蛋白基因家族的鉴定和进化分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 植物材料和主要试剂 |
| 2.1.2 扩展蛋白家族成员的鉴定和理化性质预测 |
| 2.1.3 扩展蛋白家族成员系统发育遗传树的构建与结构分析 |
| 2.1.4 扩展蛋白家族基因的染色体分布、共线性和保留率分析 |
| 2.1.5 扩展蛋白家族基因编码序列和启动子的进化分析 |
| 2.1.6 扩展蛋白家族基因的表达分析 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 芸薹属基本种扩展蛋白基因家族的鉴定 |
| 2.2.2 扩展蛋白基因的系统发育、基因结构和功能域分析 |
| 2.2.3 扩展蛋白基因的染色体分布、复制机制和保留比例 |
| 2.2.4 扩展蛋白基因的编码序列和启动子的进化分析 |
| 2.2.5 扩展蛋白家族成员的表达模式 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 全基因组三倍化后芸薹属三个基本种的扩展蛋白基因家族规模 |
| 2.3.2 芸薹属三个基本种中EXLB亚家族在进化上最为保守 |
| 2.3.3 启动子的变异与扩展蛋白基因的编码序列进化密切相关 |
| 2.3.4 扩展蛋白基因在白菜生殖发育中可能扮演重要的角色 |
| 3 白菜扩展蛋白基因BrEXPB4和BrEXPB9 的表达模式和功能鉴定 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 植物材料和主要试剂 |
| 3.1.2 CTAB法提取基因组DNA |
| 3.1.3 总RNA 的提取(试剂盒法)与cDNA 的合成 |
| 3.1.4 BrEXPB4和BrEXPB9 的基因编码序列和启动子序列的扩增 |
| 3.1.5 氨基酸序列的特征分析 |
| 3.1.6 荧光定量PCR分析 |
| 3.1.7 proBrEXPB4::GUS和 proBrEXPB9::GUS融合表达载体的构建 |
| 3.1.8 BrEXPB4::eGFP和 BrEXPB9::eGFP融合表达载体的构建 |
| 3.1.9 人工microRNA(amiRNA)载体的构建 |
| 3.1.9.1 amiRNA序列的设计与合成 |
| 3.1.9.2 p35S::ami REXPB4/9、p35S::amiREXPB4和p35S::ami REXPB9 载体的构建 |
| 3.1.10 proBrEXPB4::GUS和 proBrEXPB9::GUS载体的遗传转化 |
| 3.1.10.1 proBrEXPB4::GUS和 proBrEXPB9::GUS载体浸花法转化野生型拟南芥 |
| 3.1.10.2 阳性转基因拟南芥植株的筛选 |
| 3.1.10.3 阳性植株组织的GUS染色观察 |
| 3.1.11 BrEXPB4和BrEXPB9 的亚细胞定位 |
| 3.1.11.1 利用烟草表皮细胞瞬时转化体系观察目标蛋白的亚细胞定位 |
| 3.1.11.2 利用洋葱表皮细胞瞬时转化体系观察目标蛋白的亚细胞定位 |
| 3.1.12 利用抽真空浸花法将amiRNA载体转化‘油青四九’菜心 |
| 3.1.13 菜心阳性转基因植株的筛选鉴定 |
| 3.1.13.1 转基因菜心基因组DNA的提取 |
| 3.1.13.2 利用PCR对转基因菜心植株进行初次筛选 |
| 3.1.13.3 利用qRT-PCR对转基因菜心植株进行再次筛选 |
| 3.1.14 阳性转基因菜心植株的表型观察 |
| 3.1.14.1 植株的形态学观察和角果长度的统计 |
| 3.1.14.2 花粉的细胞学染色观察 |
| 3.1.14.3 花粉的扫描电镜观察 |
| 3.1.14.4 花粉的半薄切片和透射电镜观察 |
| 3.1.14.5 花粉的体内萌发 |
| 3.1.14.6 花粉的体外萌发 |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 成功扩增‘油青四九’菜心中BrEXPB4和BrEXPB9 的编码序列和启动子序列 |
| 3.2.2 BrEXPB4和BrEXPB9 主要在成熟花粉粒和花粉管中表达 |
| 3.2.2.1 BrEXPB4和BrEXPB9 主要在‘Bcajh97-01’的花序、三核花粉期以及授粉受精后优势表达 |
| 3.2.2.2 BrEXPB4和BrEXPB9 从单核晚期花粉中起始表达并持续到花粉管中 |
| 3.2.3 BrEXPB4和BrEXPB9 定位在细胞壁上 |
| 3.2.4 BrEXPB4和BrEXPB9 定位在细胞壁上 |
| 3.2.5 同时抑制BrEXPB4和BrEXPB9 的表达造成花粉和花粉管的发育异常 |
| 3.2.5.1 利用amiRNA技术实现对菜心中BrEXPB4和BrEXPB9 的表达抑制 |
| 3.2.5.2 抑制BrEXPB4和BrEXPB9 的表达不会影响菜心的营养生长和花器官形态 |
| 3.2.5.3 同时抑制BrEXPB4和BrEXPB9 的表达导致花粉败育以及花粉萌发和伸长异常 |
| 3.2.5.4 BrEXPB4/9~(KD)的花粉败育发生在单核花粉晚期,导致花粉内容物含量降低并伴随异常的内壁沉积 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 BrEXPB4和BrEXPB9 具有相似的表达模式和亚细胞定位 |
| 3.3.2 BrEXPB4和BrEXPB9 冗余地参与白菜花粉发育和花粉管萌发 |
| 3.3.3 BrEXPB4和BrEXPB9 通过调控花粉内壁的沉积影响花粉管的萌发 |
| 4 拟南芥EXPA4和EXPB5 的表达模式和功能鉴定 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 植物材料和主要试剂 |
| 4.1.2 CTAB法提取基因组DNA |
| 4.1.3 总RNA 的提取与cDNA 的合成 |
| 4.1.3.1 Trizol法提取总RNA |
| 4.1.3.2 cDNA的合成 |
| 4.1.4 AtEXPA4和AtEXPB5 的基因全长序列、编码序列和启动子序列的扩增 |
| 4.1.5 氨基酸序列的特征分析和启动子顺式作用元件分析 |
| 4.1.6 荧光定量PCR分析 |
| 4.1.7 proAtEXPA4::GUS和 proAtEXPB5::GUS融合表达载体的构建 |
| 4.1.8 AtEXPA4::eGFP和 AtEXPB5::eGFP融合表达载体的构建 |
| 4.1.9 AtEXPA4和AtEXPB5 敲除载体的构建 |
| 4.1.9.1 AtEXPA4和AtEXPB5 sgRNA的设计合成及中间载体的构建 |
| 4.1.9.2 构建以proYAO启动子驱动Cas9 表达的CRISPR/Cas9 载体 |
| 4.1.10 过表达载体proAtEXPA4::EXPA4和proAtEXPB5::EXPB5 的构建 |
| 4.1.11 利用浸花法将各载体转化野生型拟南芥以及T_1代抗性植株的筛选 |
| 4.1.11.1 通过浸花法对拟南芥进行遗传转化 |
| 4.1.11.2 T_1代抗性植株的筛选 |
| 4.1.12 proAtEXPA4::GUS和 proAtEXPB5::GUS植株的筛选和观察 |
| 4.1.13 AtEXPA4和AtEXPB5 的亚细胞定位 |
| 4.1.13.1 利用烟草表皮细胞瞬时转化体系观察目标蛋白的亚细胞定位 |
| 4.1.13.2 利用洋葱表皮细胞瞬时转化体系观察目标蛋白的亚细胞定位 |
| 4.1.14 敲除植株的筛选鉴定 |
| 4.1.14.1 通过PCR检测敲除植株的T-DNA插入情况 |
| 4.1.14.2 敲除植株的基因编辑检测 |
| 4.1.14.3 敲除纯合植株的筛选 |
| 4.1.15 双突变体atexpa4expb5 的获得和F_2代基因分离比的统计 |
| 4.1.16 利用PCR和 qRT-PCR对过表达植株进行筛选和鉴定 |
| 4.1.17 双突变体atexpa4expb5 的回补实验 |
| 4.1.17.1 过表达载体proAtEXPA4::EXPA4和proAtEXPB5::EXPB5对atexpa4expb5 的遗传转化 |
| 4.1.17.2 利用PCR和 qRT-PCR对回补植株进行筛选 |
| 4.1.18 敲除、过表达以及回补植株的表型观察 |
| 4.1.18.1 植株的形态学观察 |
| 4.1.18.2 花粉的细胞学染色观察 |
| 4.1.18.3 花粉的扫描电镜观察 |
| 4.1.18.4 花粉的体内萌发 |
| 4.1.18.5 主根长度和根尖分生区长度的测量与统计 |
| 4.2 结果 |
| 4.2.1 AtEXPA4和AtEXPB5 的基因全长序列、编码序列和启动子序列 |
| 4.2.2 AtEXPA4和AtEXPB5 的表达分析 |
| 4.2.3 AtEXPA4和AtEXPB5 定位在细胞壁上 |
| 4.2.4 AtEXPA4和AtEXPB5 突变体、过表达以及回补植株的获得 |
| 4.2.4.1 atexpa4和atexpb5株系T-DNA插入和基因编辑类型的统计 |
| 4.2.4.2 AtEXPA4和AtEXPB5 敲除植株的脱靶检测 |
| 4.2.4.3 通过杂交获得AtEXPA4和AtEXPB5 双突变体atexpa4expab5 |
| 4.2.4.4 导入过表达载体使野生型拟南芥和atexpa4expab5 中相应基因的表达量升高 |
| 4.2.5 AtEXPA4和AtEXPB5 的同时突变使花粉管伸长速度减缓 |
| 4.2.5.1 AtEXPA4和AtEXPB5 的突变和过量表达对植株形态和花粉发育未观察到显着影响 |
| 4.2.5.2 双突变体atexpa4expab5 的花粉管伸长速度减缓 |
| 4.2.5.3 AtEXPA4和AtEXPB5 的突变对花粉的竞争力和配子传递无明显影响 |
| 4.2.6 AtEXPA4或AtEXPB5 都可以恢复atexpa4expab5 花粉管的伸长速度 |
| 4.2.7 AtEXPA4 促进主根的伸长 |
| 4.2.8 AtEXPA4和AtEXPB5 的启动子上顺式作用元件的分布情况 |
| 4.2.9 AtEXPA4和AtEXPB5 的启动子上顺式作用元件的分布情况 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 AtEXPA4和AtEXPB5 冗余地参与花粉管的发育 |
| 4.3.2 AtEXPA4 参与主根的生长发育 |
| 4.3.3 AtEXPA4和AtEXPB5 可能在MYB转录因子的调控下参与花粉管的发育 |
| 5 AtEXPA4和AtEXPB5 与其白菜中的同源基因的功能分化 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 植物材料和主要试剂 |
| 5.1.2 转录因子TDF1、AMS和 MYB结合位点的分析 |
| 5.1.3 酵母单杂交实验 |
| 5.1.3.1 TFs-AD和 proBrEXPB4A-E-AbAi、proBrEXPB9A-C-Ab Ai、pAtEXPB5A-Ab Ai载体的构建 |
| 5.1.3.2 线性化启动子载体并转化Y1H感受态细胞 |
| 5.1.3.3 检测转录因子对目的基因的调控作用 |
| 5.1.4 双荧光素酶实验 |
| 5.1.4.1 报告器载体proBrEXPB4-LUC、proBrEXPB9-LUC、pAtEXPB5A-LUC和效应器载体TFs-SK的构建 |
| 5.1.4.2 效应器和报告器质粒电击法转化农杆菌GV3101(MP90)感受态细胞 |
| 5.1.4.3 效应器和报告器载体瞬时转化烟草叶片并检测荧光强度 |
| 5.1.5 qRT-PCR分析 |
| 5.2 结果 |
| 5.2.1 TDF1和AMS对白菜EXPB4/9 和拟南芥EXPB5 的转录激活分析 |
| 5.2.2 其他转录因子与BrEXPB4和BrEXPB9 的启动子结合分析 |
| 5.2.3 BrEXPA11/19/22 的表达模式及其在BrEXPB4/9~(KD)中的表达分析 |
| 5.3 讨论 |
| 5.3.1 AtEXPB5 与其在白菜中的同源基因BrEXPB4和BrEXPB9 产生功能分化 |
| 5.3.2 AtEXPB5和BrEXPB4/9 参与不同的调控路径 |
| 5.3.3 白菜扩展蛋白基因家族在进化过程中产生功能分化 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 在读期间发表的论文 |
（10）运用DNA甲基化和SNP复合标记进行体液来源鉴定和个人识别探究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 常用缩写词中英文对照表 |
| 前言 |
| 第一部分 精液特异性CpG-SNP复合检测体系构建 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.1.1 样本采集 |
| 1.1.2 主要试剂及耗材 |
| 1.1.3 主要实验仪器 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 不同体液DNA的提取、纯化和定量 |
| 1.2.2 CpG-SNP联合区域筛选 |
| 1.2.3 引物设计 |
| 1.2.4 酶切样本的制备 |
| 1.2.5 组织特异性验证 |
| 1.2.6 SNP多态性验证 |
| 1.2.7 MSRE-PCR复合扩增体系的建立 |
| 2 结果 |
| 2.1 CpG-SNP联合区域筛选 |
| 2.2 酶切效能的评估 |
| 2.3 组织特异性验证 |
| 2.4 SNP多态性验证 |
| 2.5 MSRE-PCR复合扩增结果 |
| 3 讨论 |
| 3.1 单碱基延伸反应体系构建 |
| 3.2 组织特异性评估以及位点阈值的划定 |
| 3.3 DNA纯化对酶切效率的影响 |
| 4 结论 |
| 第二部分 CpG-SNP复合检测体系法庭科学有效性的评估 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 种属特异性的验证 |
| 1.2.2 年龄相关性验证 |
| 1.2.3 灵敏度检测 |
| 1.2.4 含精液混合斑检测 |
| 1.2.5 法医学参数统计与计算 |
| 2 结果 |
| 2.1 种属特异性验证 |
| 2.2 年龄相关性验证 |
| 2.3 灵敏度检测 |
| 2.4 混合斑检测 |
| 2.4.1 两种体液构成混合斑的检测 |
| 2.4.2 等比例混合斑的检测 |
| 2.5 法医学参数统计与计算结果 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 从生物学标记角度分析混合斑问题的发展现状 |
| 参考文献 |
| 附录Ⅰ 112个样本的峰高 |
| 附录Ⅱ 112个样本的CML值 |
| 致谢 |
| 个人简介 |
四、短串联重复基因座突变率的分析研究（论文参考文献）
- [1]30个InDel位点在广东揭阳汉族人群中的遗传多态性研究[J]. 夏平平,梁沛妍,姚婷. 广东公安科技, 2021(04)
- [2]新一代测序技术在法医遗传学中的应用与研究进展[J]. 张昊,胡锡阶,余丽梅. 国际遗传学杂志, 2021(06)
- [3]Y-STR单倍型匹配概率与基因座数量关系的构建[J]. 莫晓婷,杨成,吴俞衡,马温华,尚蕾,李万水. 中国法医学杂志, 2021(05)
- [4]基于有限突变模型和大规模数据的19个常染色体STR的实际突变率研究[J]. 刘志勇,任贺,陈冲,张京晶,张晓梦,石妍,石林玉,陈滢,程凤,贾莉,陈曼,范庆炜,张家榕,李万婷,王萌春,任子林,刘雅诚,倪铭,孙宏钰,严江伟. 遗传, 2021(10)
- [5]云南回族人群17个常染色体STR基因座的遗传多态性[J]. 张幼芳,张巍,侯思如. 法医学杂志, 2021(04)
- [6]19个短串联重复序列基因座在河南汉族人群中的遗传多态性分析[J]. 王美莹,于皓. 河南医学研究, 2021(22)
- [7]高变异Y染色体短串联重复片段检验体系的建立及对北方汉族群体调查[J]. 李运丽,宋诚诚,郝世诚,张金佩,刘岩,徐妍,袁丽. 中山大学学报(医学科学版), 2021(04)
- [8]STR基因座突变对亲子鉴定准确性的影响研究[J]. 杨飞,董露斌. 法制博览, 2021(19)
- [9]芸薹属基本种扩展蛋白基因家族的进化分析及花粉发育相关扩展蛋白基因的功能分化研究[D]. 刘维妙. 浙江大学, 2021(01)
- [10]运用DNA甲基化和SNP复合标记进行体液来源鉴定和个人识别探究[D]. 李锦涛. 山西医科大学, 2021